大概所有的天才科学家，都心怀一种对知识的几乎病态的求索，山本正夫心中的道德天平很快便倾斜了。
渐渐形成了一支以他为首的研究队伍，主要从事对神秘病毒的破解工作，探索它对生物基因改造方面的可能性。
他的团队主要研究那些人类意外感染者，并用动物从事相关实验，不过，他多少也默认了另外一些人用活人做实验的情况，对于他们所提供的研究数据也欣然接受。
在日本本土的大量实验，最终还是被归于失败。
从病毒改造利用方面来看，效果非常不理想，对于病毒感染后出现何等变异，仍旧无法控制。
99%以上的实验对象会出现巨人化现象，对于巨人化的感染者，已经可以成功延长他们的存活寿命——可以延长到五年四个月，问题在于他们的智力。
所有巨人化的感染者，智力会严重降低，从军事角度来讲，连训练成普通士兵的可能性都没有，毫无实战价值。
——不过，日本军部方面并没有放弃的打算，至少他们研究出的一些细菌武器、病毒武器，战争价值十分可观。
日本侵略者占领东北后，这个秘密而又十分危险的机构，便从日本本土，转移到了中国东北地区，全称日本关东军驻满洲第731防疫给水部队，对外宣称加茂部队，石井绝密机关。在中国一般称之为731部队。
最初这个单位设在哈尔滨市平房区新疆大街，后来扩展到辽宁、内蒙古、河北等多地，随着机构扩大和研究人员的大量增加，为了保密起见，这个组织愈发的军事化，除了加派大量特务参与外，对于原来许多保留学术职称的研究人员，也开始编制军阶，完全军事化管理。
二战后期，关于731给水部队的情报才陆续曝光，给水部队利用中国平民、联军战俘进行生物武器、化学武器实验的惨绝人寰的行径，引起了全世界舆论的轩然大波。
在中国期间，山本正夫同至少三位研究人员任职“特别参谋”，指导总部及各处分支机构的研究工作。
根据山本正夫的记忆碎片，卫青云等人又发现了731部队设在河北、辽宁、内蒙古的总共五处实验基地，规模极其庞大，是日本侵略中国，践踏中国主权，违背国际公约，用活人进行冻伤、细菌感染、毒气实验的重要罪证。
此时，第二次世界大战已经进入白热化阶段，而山本正夫作为曾经留学欧美掌握多门外语的“重要学者”，再次发挥其专长，多次到德国、意大利、匈牙利、罗马尼亚等法西斯国家交流学习，再次启用了多个间谍身份。
直到那个时候，山本正夫仍未结婚，甚至连恋爱都没有过，从大三开始被征召进入秘密研究机构，除了几次被监视下的游学外，他的人生一大半都处在一座封闭的生物与病毒，细菌与尸体的囚笼之中。
每一个初次接触到他的人，都可以轻易做出判断——他是一个残缺不全的人。
甚至，长年负责照顾他起居生活，并监视他的特务，都在一次酒后吐真言说——
山本君，你这样下去不行啊，这根本不是一个男人该有的生活啊，同现在相比，倒是更喜欢和你一起去游学的日子啊，那个时候，你起码装的像个人一样。哈哈哈哈，说起来你还真是个天才间谍呢。
每次外出，尤其是长时间去他国交游，军部都会为他特别编制一个身份，为了掩盖其从事病毒与细菌研究的罪恶勾当，这些身份往往都是已婚人士，有贤惠的妻子，可爱的女儿或儿子，家庭美满和睦，一家人其乐融融，而其本人也是一副养尊处优惯了的样子，性情宽厚爱笑，令人实在难以将其同细菌武器、活人实验，这些恶魔专属的字眼儿联系在一起。
或许，他也感到过自己内心情感世界的空洞，十分乐意扮演那些顶尖间谍为他谋划的剧本，而且演的十分投入，非常的成功。
就在某一次，山本正夫在那名特务的陪同下，前往已被德军占领的巴黎，参加一个秘密学术交流期间，那名多事的特务竟然帮他钓到了一名浪漫的战争寡妇。
那女人本就是日耳曼人，却生在法国，战争打响没多久，他的丈夫便被一块弹片击中，魂归天主。她自己是个耐不住寂寞的人，早已习惯了欢场生活。
而山本正夫此时亦扮演一位幽默风趣的大学教授，专门研究羽毛鲜丽的鸟类和漂亮的蝴蝶。
他功课做的很足，把间谍们特别为他编排的各种书籍、背景知识、幽默笑话运用的滚瓜烂熟。两个人在一次酒会上聊了不大一会儿，那寡妇便早已媚眼如波，对他倾心不已。
不过那些特高课的特务们，可没教他怎么把一个女人搞上床，更没教他如何把握时机，他们觉得这样一个窖藏几十年的老牌处男不需要那种技术，而且，他不在外边乱搞的话也不是什么坏事。
这就多亏了那名随身特务了，毕竟相处多年，他大概对山本正夫也产生了某种特别的友谊，至少是一种朋友间的，带有一点小小恶作剧似的“成全”吧，他巧做安排，成全了那对男女。
起初山本正夫只当是在演戏，可一旦尝过女人滋味儿，就一发不可收拾了，何况还是一个风情万种的女人呢。巴黎期间，一有机会他便同那女人纠缠在一起。
这是他第一次跳脱剧本，自己改编剧情，给自己加了不少的戏。
卫青云猜想，这些不同的间谍人格，还是在一定程度上造成了山本正夫的精神分裂，回到中国恢复身份后，那个女人便从他的世界里彻底消失了。
不过，那段浪漫而甜蜜的时光却也不是完全没有影响，那让他明白了，为什么在别人的眼中，他是个残缺不全的怪物，为什么那特务会说他之前过的不是男人该过的生活。
那女人就像一根火柴，在他荒芜、空洞的世界里，点起一片火来，使他开始去思考一些病毒和尸体之外的事情。
就这样一次美丽的意外，却给731部队带来一次不小的打击。