朱由崧仍然水陆并进，分三路进攻唐王朱聿键，他采取的具体策略仍然剿抚并用，唐王现在自称隆武帝，拜郑芝龙为内阁首辅助加太子太保兼兵部尚书，拜黄宗羲龙途阁大学士内阁次辅，加太子少保，现在在的这个朱聿键就指望这二位混。
朱由崧让张献忠的带十万大军绕走赣州，然后南下直插福州，随军听用的大将基本上是还是原班人马，有李定国，祖克勇和马保，把刘文秀调出来任水师副统领随朱由崧出征。由于沐天波也不在，因此朱由崧将大将马万年和陆校调配给了张献忠麾下。
李自成还是原班人马，也让他统兵十万，走梅州过龙岩，攻取泉州，
第三路人马由朱由崧亲自统领，走沿海一带，目标是漳州和厦门，只有攻取了这两地，才能拿下金门岛，救郑鸿逵叔侄二人。他这路人马连御营算上共十一万人，包括五万水师，其余岸上的兵将共六万人。
朱由崧知道这是一场硬仗，关键是水战，郑芝龙大海盗头子，盘居福建沿海多年，水师实力雄厚，拥有上千艘战舰，不少于三万的水师，而且他海战经验丰富，手下有一帮铁哥们儿，都是海盗出身，他们曾经多次在海中击败过葡萄牙和荷兰两个海上霸主，因此朱由崧不敢小瞧这个强劲的对手，这也是这次他亲自要统兵作战的原因。
另外，考虑到李自成和张献忠这两路人马没有水战，因此朱由崧把熟悉水战的刘文秀也从张献忠那里调过来，刘文秀水里的本事仅次铁臂苍龙贺兆雄，据说此人在水里游泳如走平地，岸上的武艺也好，指挥作战有勇有谋，曾经是张献忠水师统领。
因此朱由崧把他调过来，作贺兆雄的副将，在水军的具体任职是水师都指挥同知，仍然由铁臂花龙贺兆雄任水军都指挥使。
朱由崧的水师发展很快。这些年朱由崧北驱鞑子，西讨伐李自成和张献忠的时候，水战不多，只是在长江流域和黄淮流域进行过几次水战，贺兆雄指挥的水师发挥了重要作用，没有水战的日子里，贺兆雄也没有闲着，按照朱由崧的部署，招蓦水师贤良，加紧操练水军，经过这两年的积蓄发展，现在朱由崧的水师实力非常雄厚，拥有五万精兵。
除了刘文秀任吴副将外，朱由崧还把李全和柳春红夫妇也临时编到了水师营听用，李全是郑家军的一员，海盗出身，原是郑鸿逵的部属，水里的本事就不用说了，他的妻子柳春红乃是绿柳山庄的人，是铁臂花苍龙贺兆雄和侠女贺宣娇亲手教出来的，在追随朱由崧以前，柳春红是贺宣娇的贴身丫鬟，现在嫁给了李全，在军中也是正千户之职。这样一样，水师营有水陆皆能征战的大将四员，至于水手、潜游能手、炮手、弓箭手就更多了，可谓是人才济济。
水师营这次调来大小战船一千五百只，包括运兵船，运粮船、炮舰等各式战舰。如果发生了水战当然全指望炮舰，调过来的水师营现有各种炮舰五百余门，这些炮舰装备精良，大号的炮舰配备二十四门火炮，有射程最远的红衣大炮，有射程稍近的一些的千斤佛朗机，中号的炮舰配备有各式火炮十六门，小号的炮舰配备各型火炮八门。
这一千多只战舰可不都是朱由崧伐木建造的，他只造了一小部分，绝大部分是战利品，其中有一大部分是缴获左良玉的，还有一部分是张献忠的，修整之后，全都拿来归朱由崧所用。
除了水师营实力雄厚之外，岸上的大军实力也不弱，虽然只有六万人，但是有三千御营铁骑，这是朱由崧仅有的一只王牌师，屡立战功。另外还有卸营的工程兵营，担任工程和爆破任务，爆破营虽然只有几百人，但在攻取坚城九江等城池时，功劳突出，威名赦赦。
还有五千炮营共五十门红衣大炮。朱由崧的炮营也不是以前的规模了，人数已经达到了一万，这次分给李自成和张献忠各一支炮兵队伍，朱由崧留下一半了火力。另外就是骑兵和步兵了。
这六万人马具体由兵部尚书刘肇基负责，随军听用的大将主要有武进士出身的方东旭，炮营统领李柱石，张耐和双喜，女将高桂英、慧英、慧梅、马金花和贺宣娇，小柳是等，不过张耐和双喜以及这些女将主要是负责御营，除了小柳是朱由崧的御前童子外，三个美妃不但有军事任务，晚上还得有陪朱由崧睡觉侍候的职责。
现在三路大军的粮草问题不用朱由崧再派专门的押粮运草官了，粮草和军饷主要来源于两个方向，一个是京师的筹调，另一个是坐镇四川的兵部侍郎堵胤锡也征调一部分运到前敌来，这些粮草供给品运过来之后，具体的接收保管二次配送等问题，朱由崧就近交给了广东、福建和江西三个省的巡抚负责。
一切就绪之后，三路大军共三十一万人浩浩荡荡向三个方向出发了。
朱由崧这十一万人马又具体分为水路和陆路，水路潮洲出发，走海上，陆路也是从潮洲出发，直取漳州。
三路大军具体来说是四路人马，这四路人马之间通过军中密探和锦衣卫、厂番收集情况，相互传递消息，及时报于朱由崧，使得他能及时准备地掌握其他各路兵部的战况。
朱由崧的这一路陆上人马，兵部尚书刘肇基成了他的开路先锋，他带着五万大军在前面开路，朱由崧的一万御营紧随其后，在各地方官和老百姓的列队相送下，浩浩荡荡离开了潮洲。
明军如此大的动作，弘光大帝亲自统兵出征，只在潮洲调集兵马和和筹备粮饷等各种准备就长达一个月天，因此以福州为京师的隆武帝早就得报了。他传旨让郑芝龙分兵拒敌，但是他们人马现在很有限，连水师加上也不过五六万人马，很难三线或者四线迎敌，只能集中兵力分守要塞，集中兵力准备打海，实在不行他们就打算退到海岛上。
因此，一些普通的州城府县基本上没有把守，或者说兵力微弱，看把明军大军压境，很多地方望风而遁。
刘肇基指挥着人马一路势如破竹，连取了饶平、云宵、漳溥、平和等几个县，大军直逼漳洲城下。
同时五万水师也是一路畅通无阻，开进了沙塘湾，占领了双鱼岛，与厦门隔海相望，但是漳州和夏门则驻有朱聿键的重兵。