随着胡宗宪的解到京师，现在整个京师的官场都关注着此案。
怎么审，谁来审，都是现在朝野关心的问题，内阁肯定是要介入此事，于是在内阁首辅徐阶的组织下，六部、都察院和大理寺齐聚一堂，商量此案怎么办。
首先就是谁来审的问题，刑部、大理寺的意思是由都察院审理此案，这也说得过去，毕竟都察院的职责就是纠劾百司、辩明冤枉、提督各道，而其中的纠劾百司，就是对官员的违法失职行为进行检举和控告，而且此次胡宗宪之所以事发，也是你都察院的巡按御史揭发的，案件交由你都察院的审理，也是应当的。
但是左都御史张永明显然不这么想，胡宗宪一案确实是都察院的巡按御史揭发的，但是胡宗宪位高权重，岂是都察院一家就能够审理的，本着要死一起死的想法，张永明提议圆审，圆审的规格势必三法司会审还要高级一点，由大理寺、刑部、都察院三机关组成三法司，会审重大案件;遇有特大案件，则由三法司会同各部尚书、通政使进行圆审。
张永明这是准备把大家都都拉下马啊，吏部尚书严讷当即拒绝圆审，开什么玩笑，圆审就把大家拉下水了，还好严阁老反应快，严讷当即说道：“首揆，若亭疑谳决,而囚有番异,则改调隔别衙门问拟。二次番异不服,则具奏,会九卿鞫之,谓之圆审。此案不当圆审，不合体例。”
因为圆审，或者叫九卿圆审，是复审制度，按照规定，凡是地方上报的重大疑难案件，罪犯经过二审后仍不服判决者，由三法司长官（刑部尚书、大理寺卿、都御史）会同吏、户、礼、兵、工各部尚书和通政使组成会审机构共同审理，判决结果奏请皇帝审核批准。
而现在胡宗宪一案显然不是复审，所以不能适用圆审制度，而是只能三法司会审，即在审判重大、疑难案件时，由刑部、大理寺和都察院三法司的长官刑部尚书、大理寺卿和左都御史审理本案，这算是大明最高级别的审判班子了。
既然决定了哪些人来审理本案，接下来就是怎么审理本案，御史们弹劾胡宗宪的罪名多了，贪污军饷、滥征赋税、党庇严嵩等等，哪一条都是大罪，怎么审确实是个问题。
大家都看向徐阶，希望徐阶作为首辅，先来确认一下这些事情，徐阶说道：“陛下已有明旨，就审理御史所弹劾的胡宗宪侵吞军饷一事，他皆不问。”
既然如此，内阁就奏请嘉靖三法司会审胡宗宪，嘉靖当即御批同意。
朱载坖收到消息之后，赶紧通过陆绎将详细情况告知胡宗宪，让他提前有个准备，胡宗宪根本不以为意，照旧看话本杂剧，仿佛受审的不是他一样。
经过张永明等人的商量之后，于嘉靖四十一年五月初一日在都察院正堂正式会审胡宗宪，左都御史张永明签发牌票，派都察院差役到南镇抚司提胡宗宪受审。
将胡宗宪带来之后，张永明等人这才升堂，张永明头戴乌纱，腰系犀角革带，胸背绣獬豸补子，象征他的风宪官身份，革带左侧悬挂牙牌、牌穗及印绶。张永明坐上正堂，沉声问道：“堂下罪员何人？”
胡宗宪略一拱手，说道：“原任都察院右都御史兼兵部尚书、太子太保，钦差总督浙直福建等处军务事胡宗宪！”
张永明将庞尚鹏的弹劾奏疏取来，问道：“巡按南直隶御史庞尚鹏等人稽核军饷，弹劾你失律、贪淫及军兴督抚侵军需状，你有什么话说。”
胡宗宪说道：“罪员无有巡按所劾之情状。”
张永明闻言只是笑笑，随即拿出庞尚鹏等人稽核军饷的账册，上面确实显示了胡宗宪擅自挪用嘉兴府库帑银三万三千两，张永明问道：“胡宗宪，现有账册在此，你还有何话讲？”
胡宗宪说道：“当日事有缓急，故而不得已暂时挪借嘉兴府库的帑银三万三千两，但是事后已经归还，总宪不信，可以再次复查此事。”
刑部尚书潘恩这时候说道：“胡宗宪，国朝定例，擅支州县府库帑银，亦是重罪，你难道不知吗？”
胡宗宪看了潘恩一眼，说道：“男女授受不亲，礼也，嫂溺，援之以手，权也，大司寇难道不知吗？这三万三千两，一次花银一万余两，用于遣散狼兵，一次花银两万余两，用于抗倭各项事务和抚恤伤亡士卒的家属。罪员没有从中贪污，各项数字在当时有帐可查。狼兵凶悍，若不及时发饷，恐祸生不测矣，当此之时，大司寇又当作何解释呢？”
胡宗宪一下子将潘恩怼到说不出话来，张永明这才想起来，胡宗宪自己也是科道出身，论玩嘴皮子，一般人还真不是他的对手。
张永明将此事搁置，然后问道：“胡宗宪，御史还弹劾你创编提均徭之法，加赋额外，民为困敝，而所侵官帑、敛富人财物亦不赀，你有何话讲？”
胡宗宪说道：“一派胡言，编提均徭并非出自于老夫之手，何况这些银子都是用在了抗倭军需之上，何来中饱私囊之说？”
胡宗宪还列举了自己在浙江巡抚、浙直总督任上奏请折叠蠲免租赋的各种情形，嘉靖三十六年，胡宗宪奏请朝廷宽限征收江南地区历年所欠加派、逋赋，并蠲免倭患重灾区钱粮，嘉靖三十八年，浙直加派缎匹、工料等项银两，已达二十多万，户、工二部还催查历年逋赋。时任浙江巡抚的胡宗宪，上疏请敕户部，将加派本省的缎匹等项一一查清，除国家急需者严督依限征解外，都予以蠲免。
而且胡宗宪为了节省军费，也时常裁减不必要的军队，东南安定之后，胡宗宪奏请裁去部分士卒及岁费银四十九万九千余两，这些都是有据可查的。
这下就搞的张永明等人很被动了。