第一执政
拿破仑远征之时，欧洲的反法联盟已逐步形成，而法兰西共和国国内的保王党势力也在逐步增强。1799年8月，拿破仑决定立刻秘密赶回巴黎。在危险的地中海回航中，拿破仑机智地避开了英国皇家海军的巡逻舰队，两个月后成功登陆。1799年10月7日 [44]，回到了法国的拿破仑被当成“救星”来欢迎。11月9日，获得众人拥戴和支持的拿破仑发动了雾月政变，获得成功，结束了大革命以来各种恐怖局面轮番交替的形势，成为了法兰西第一共和国执政官。
雾月政变
拿破仑随后进行了多项军政、教育、司法、行政、立法、经济等方面的重大改革，其中最着名，并直到两个世纪后依然还有深远影响的是颁布了《拿破仑法典》，由拿破仑下令起草、制定，许多条款都由拿破仑本人亲自参与讨论，并最终颁布。
法典对德国、西班牙、瑞士等西方资本主义国家的立法起到了重大的影响。在政变结束之后的第三周，拿破仑向人民郑重发布公告，他自豪地宣称：“公民们，大革命已经回到了它当初藉以发端的初衷，大革命已经结束。”此外，拿破仑还制定了保留至今的国民教育制度，以及荣誉军团制度。
任第一执政的拿破仑 [5]
加冕称帝
1800年6月，担任第一执政的拿破仑亲自领军，越过阿尔卑斯山，战胜意大利与热那亚方面的奥军，获得了着名的马伦哥战役大捷。马伦哥战役是拿破仑执政后指挥的第一个重要战役。这次战役的胜利成为了典范，对于巩固法国脆弱的资产阶级政权，对于加强拿破仑的统治地位都有着重要的意义。
1802年3月27日，法国与英国在法国亚眠签订《亚眠条约》，英法暂时休战，第二次反法联盟即破产 [4]。拿破仑修改共和八年宪法为拿破仑宪法，改为终身执政。5月，英法合约撕毁，英国对法宣战。
1804年5月18日，通过的元老院法令正式授与拿破仑以法国皇帝的称号。他原先的同僚，康巴塞雷斯和勒布伦，则分别被封为有职无权的帝国大法官与帝国大司库。拿破仑的哥哥约瑟夫得到了大选帝侯的称号。路易被封为大司马；还有两个显要职位，首席国务大臣和海军元帅，则分别留给拿破仑的非亲生子欧仁·博阿尔内和妹夫缪拉。新帝国的上述六名显赫人物将不对任何人负责，也不得予以撤换；他们和皇帝一起组成帝国的御前会议。皇帝的母亲被尊为“太后”；他的妹妹们称作公主，各备有采女嫔从多名。 [49]
1804年11月6日，公民投票通过《共和十二年宪法》，宣布拿破仑·波拿巴为法兰西皇帝。 [58]
1804年12月2日，拿破仑加冕为皇帝 [44]，从教皇庇护七世手上拿过皇冠亲自戴在了自己与妻子约瑟芬的头上，寓意“自己奋斗出的皇位”，从此成为“法国人的皇帝 [1]”。同年，拿破仑任命凯文为内阁辅政大臣，代管巴黎军政事务。
拿破仑加冕大典
1805年3月17日，拿破仑在巴黎宣布继位为意大利国王，同年5月26日，拿破仑来到米兰，在米兰大教堂从大主教手中接过王冠为自己加冕，高声道“dio me l'ha data，guai a chi la tocca”（上帝赐予我，他人谁敢染指）。他的头衔是“法国皇帝和意大利国王”，显示了意大利王国对他的重要性。 [59]
1805年，拿破仑兼并热那亚，让自己的继子欧仁·德·博阿尔内成为意大利副王，代管意大利。
皇帝拿破仑一世像
英法海战
从1803年开始，拿破仑就开始构思通过法国海军穿越英吉利海峡，以登陆英国。他对侵略英国这一作战计划煞费苦心，也在海军方面任命了一些“有经验”指挥官，并集结了由法国、西班牙、荷兰组成的庞大舰队。但由于拿破仑本人对海战并不精通，且任命了错误的指挥人选，再加上英国皇家海军的顽强抵抗，最终导致计划失败。
1805年10月 [44]，特拉法尔加海战中，英国皇家海军指挥官纳尔逊阵亡，但法军的指挥官维尔纳夫被俘，庞大的法西联合舰队也全军覆没。从此，法国失去了和英国在海上争夺霸权的机会。由于英国为了解海上之围，开始挑动奥地利和俄国等欧洲大陆国家组成了第三次反法同盟，拿破仑只好放弃侵略英国的作战计划。
英国军事理论家富勒在《西洋世界军事史》中评价说：“无论从那一方面来说，特拉法尔加海战都是一个值得记忆的会战，它对于历史具有广泛的影响。它把拿破仑征服英国的梦想完全击碎了。一百年来的英法海上争霸战从此结束。它使英国成为了一个海洋帝国，这个帝国维持了一个世纪以上。” [6]确立了英国在此后100年中的海上霸权，给普鲁士、俄国、奥地利那些被拿破仑打得心惊胆战的君主们打了一针强心剂。就像英国历史学家威尔逊在《剑桥近代史》中所说的那样：“特拉法尔加海战在1799年到1813年的拿破仑战争中，是一场有着决定性意义的会战。” [7]
人生顶峰
1805年8月，奥地利、英国、俄国组成了第三次反法同盟。8月底，俄国将领库图佐夫与奥地利联军向巴伐利亚乌尔姆开进。拿破仑于9月24日离开巴黎，亲自挥师东进，10月12日法军占领了慕尼黑。10月17日法兰西第一帝国和奥地利帝国在乌尔姆激