石英大赛结束之后，花子带着小智的奖杯，还有仙子精灵们先回去了，而小智三人先行去了黄金市，他要在那里完成与巴大蝴的约定。
来到巴大蝴的放生海湾，小智要先把巴大蝴的约定完成之后，再去橘子群岛。
小智利用系统抽奖，分别获得了超梦进化石Y，梦幻z纯晶，并给自己剩余能超进化的神奇宝贝们都抽到了进化石，估计是系统安排的吧，而且小智还获得别的次元的神奇宝贝御三家蛋，是火主，这下那里的御三家已经凑齐了。
【小凤儿火属性和飞行属性，小的时候喜欢卖萌撒娇，当进化成为烈火雀的时候，性格就开始变得优雅起来，当进化成最终进化型凤凰天鸟，将会注重自己的优雅，属性将会变为妖精，飞行和火系】
夕阳西下，小智望着那里的海边，静静的等待巴大蝴夫妻的回归，在远处，本以为今天等不到自己训练家的巴大蝴非常失落，自己的老婆上前安慰。
忽然看到了小智一行人的身影，直接飞奔了过去，而粉色的巴大蝴直接掉水里了。
“巴大蝴”小智张开双手把巴大蝴抱在怀里，温柔的说：“好久不见啊，你们过的还好吗？”
这一大段时间，巴大蝴在外面虽然产下了后代，但实力一点也没有降弱，估计训练也是十分的刻苦，直接晋级到准天王。
那小霞看了看四周，说道：“你的老婆呢？巴大蝴。”
此时的巴大蝴点显得非常的慌张，他这才想起自己把自己的老婆给忘在了海里了。
此时，粉色的巴大蝴终于飞了过来，直接一脚踢在了小智的巴大蝴身上，此时的小智巴大蝴，连忙上去解释。
小霞说道：“好啊，巴大蝴现在变成妻管严了。”
“好了，老婆，我只是看见我自己的训练家太兴奋了而已，你就不要再生气，好歹你才刚怀完孕。”
粉色巴大蝴听完了小智的巴大蝴的解释，这才终于不气了。
“这次就原谅你了，再有下一次，把我撞到水里面，我必然得把你给扔大海里。”
哄了有一段时间，粉色巴大蝴才过去来到了小智的面前，一瞬间，仿佛有一种媳妇看到公公的样子，此时，粉色巴大蝴脸非常的红。
小智温柔的说道：“你要和我一起走吗？你们夫妻一起。”现在粉色巴大蝴和小智的巴大蝴已经是夫妻了，自然要跟随小智。
“等一等”小智先拿了一块抹布，轻轻的把粉色巴大蝴的身上的水给擦掉。
然后，小智拿出了另外一个精灵球，而粉色巴大蝴直接自己主动的进了精灵球里面，成为了小智的宝可梦，自此，小智华丽大赛又多了一名主将。
【巴大蝶（异色）】
【属性：虫、飞行】
【性别：雌】
【特性：复眼（命中率会提升）】
【等级：精英级】
【技能：毒粉、吐丝、暴风、念力、幻象光线、魔法闪耀、银色旋风】
【收服异色巴大蝶，奖励能量水晶500】
而此时，小智看着自己的巴大蝴，拿出了自己的精灵球，再一次把巴大蝴收了回去。
………
小智回到真新镇，休整了三天之后才打算前往橘子群岛，临走前，小智用系统的亲密卡把龙鳞水蛇的凶猛度给降了降，只在对战的时候有这种感觉，这才让岛上的神奇宝贝和大木博士欣然的接受，否则哪一天自己害怕，把他激怒了，直接把自己吃了。
而小智又把伊布，波克比，迷你龙，和胖丁以及墓仔狗给带了回来，波克比一看到小智就直接扑了上去，抱住了小智，哭的稀拉稀拉的；而迷你龙则是上前用它自己的身躯缠住了小智的腿，不让小智离开它，眼里充满了想念；而胖丁总算是在仙子精灵和钻石精灵，他们的教导下，不再随意的乱唱歌了，也终于的把唱歌和技能给分开了，终于不再随便展示歌声。
小智说道：“不是我前世知道了胖丁不再随便展示歌声，应该很幸福。”
要知道，胖丁的歌声无论是什么神奇宝贝，古代的，冠军的，还是整个城镇的人，听完之后全部都无一幸免，而且涂鸦技术一次比一次高超。
因为胖丁的缘故，小智每次都惨遭脸色涂鸦，从关东到橘子群岛，成都，到丰源再到阿罗拉，整整跟了自己五个地区。
小智还记得有一只穿着熊，他的实力居然能跟究极异兽平分，差点还打赢，结果却连胖丁的歌声五分钟都听不了。
小智这回去橘子群岛就除了皮卡丘，只带上了驹刀小兵，比雕，四小只，以及肯泰罗的变异种首领。
小智从大木博士那里接过了达马兰奇会长给他的大师球，共携带了30颗大师球，小智决定回来之后。
先去把基格尔德收服了，先有一个实力强大的神兽护体再说吧，超梦它们被小智留下来镇着岛屿，不能让外人随意进入。
大木博士说道：“小智，你们去橘子群岛，顺便帮我去内木博士研究所一趟，你好像说有一个神秘的精灵球，怎么研究都没有效果？也没有进展，十分特殊，还无法通过传送器传送回来。我现在要逐究研究z手镯了，恐怕无法前去，否则我早就亲自过去看看了，就只能麻烦你们。”
小智点了点头，说道：“放心吧，大木博士放心研究就行，那颗神秘的精灵球，我们会给你带过来的，我听说橘子群岛要举办橘子联盟，所以我要带着迷你龙他们去训练，参加联盟可能要晚一些时间回来。”
大木博士说道：“哪个特殊的精灵球？其实也不是那么着急了，还有一件更重要的事情就是龙鳞水蛇，玉面狮王他们，我不是很了解论文，只能你来写，写完你可以用电脑以电报的形式发给我，联盟要用，记得要快。”
小智说道：“好的，大木博士，过个两三天我就发过去，我们现在就要出发了。”
离开了真新镇小智，他们打算坐船或坐飞机前往橘子群岛。
走到半路的途中，小刚发现了不对，说道：“你们有没有感觉有点奇怪，这里安静的似乎有点可怕了，怎么连一只虫和鸟都没？”
小霞和小智这才反应到，经磐森林应该是鸟，虫神奇宝贝们的圣地才对。
小智说道：“确实安静的有点不像话了，从我们刚刚过来应该会有很多的神奇宝贝才对。小智放出了波导，察觉到方圆十里的神奇宝贝们全都畏畏缩缩的躲了起来。
小霞说道：“这里的虫神奇宝贝应该很多，对比重虫神奇宝贝，像这种那么安静的森林，反而更可怕。”
“皮卡皮”皮卡丘用手指向上指了指，示意小智们向上看。
小智三人抬头一看，发现是一只大嘴雀正在带领着所有的猎雀在天空翱翔。
小智通过波导认出了他们，正是他们出发旅行第一天，小智拿着石头砸的那只猎雀，已经进化成为了大嘴雀，其他的猎雀自然也就是这位摇鸟哥，摇到的鸟，皮卡丘通过他们身上的气息也认出了他们就是第一天出发旅行时，把他们给电击了的那群。
大嘴雀看到底下有人，本来是不想管的，但是发现居然是小智，他们立马就以80迈的速度飞了下，终于把你们等了过来，立马朝着小智他们进攻啊。
【大嘴雀】
【属性：一般、飞行】
【性别：雄】
【特性：锐利目光（命中率不会降低）】
【实力：精英中期】
“去吧，皮卡丘，对着他们再次使用十万伏特。”
皮卡丘全力使用的十万伏特，还特意先垫那只大嘴雀，然后再把整个猎雀群都垫了，这一发电机把大嘴雀先给电的外焦里嫩，已经有八分熟，而其他的猎雀，因为有大嘴雀替他们挡了大部分的攻击，但也都被电的成了黑炭。
现在的皮卡丘只是随便一发攻击就能把这帮猎雀全给电死。
本来猎雀们是想要找回场子，但是看到它们老大和自己竟然连一招都撑不住，就赶紧飞走了。
猎雀也是一种欺软怕硬的生物，遇到好欺负就伺机而动，遇到不好惹的就赶紧跑。
“哎，小鬼头快救救我们哇”
“小鬼头，我们今天安分到什么事都没有做，求你救救我们。”
小霞说道：“我们三个在这里干什么呀？还飞到树上。”
武藏无奈的说：“我在这棵树上都呆三天了，我们无意识的被卷入到波波和猎雀争夺地盘的战争中，他们每只都随意的使用暴风，把我们吹到这里了。”
小智说：“你们难道不会爬下来吗？这也不高啊。”
武藏说道：“当我们没有想过吗？因为一离开这个树，就会遭受到猎雀和波波的攻击。”
小次郎说道：“所以我们才特别不逃离这里，逃也不行，那只大嘴雀能把一块巨石起来，一逃就被它打。“
小刚说道：“难怪如此，从刚刚到现在，一只鸟和一只虫神奇宝贝都没有，原来是他们都害怕的，躲起来了。
小智用手指指向后面指了指说道：“不会就是它吧。”
小智的身后站着一只黑色的大嘴，而刚刚飞走的猎雀还都回来，它们觉得不能就这么扔下老大。
小霞嘲笑道：“还挺讲义气的嘛。”
小智看了看大嘴雀说道：“是这样吗？大嘴雀。”
大嘴雀也点了点头，他们本来就是领地意识很强的神奇宝贝，平时只要不侵入他们的领地就行，可是这里风水很好，波波和猎雀们都想争夺，而波波他们性格温顺，又不喜欢打架，所以被大嘴雀他们一直欺负着。
小智说教道：“只要把他们赶走就行了，可你也不能这样，总是欺负他们啊，你看看现在的神奇宝贝们都害怕不出来，你去和他们道歉。”
大嘴雀也不飞过去，就是走过去，在树上面低下了头，态度还算是非常的诚恳。
波波们看到这种情况之后，也就立马的飞了下来，飞到了小智的身边，感谢他帮助自己。大嘴雀看了看小弟之后，发现它们已经不需要自己的照顾了，可以和这里的神奇宝贝们相处。
就双爪走到了小智和皮卡丘的面前，张开了翅膀，叫了一声，然后就把头低下来，身子俯卧在地上，皮卡丘则是一副大哥大的样子，跳到了大嘴雀的身上，用小手拍了拍它。
小刚解释道：“是鸟神奇宝贝们臣服的特殊动作，代表愿意臣服于你。”
小智笑着说道：“这样吗？大嘴雀，便几步上前拿出了一颗精灵球，说道：“大嘴雀，既然这样，你就跟我们走吧，我会让你成为天空中的一大王者。”
大嘴雀用它巨大的喙点开了精灵球的收服键，心服口服的成为了小智的宝可梦。
而此时，火箭队的喵喵热气球忽然从另外一棵大树上飞了出去，突然生下来了一张网子，网住了猎雀和波波们。
喵喵说道：“欺负了我们这么多天，还想就这么安稳的了事了，我要把你们通通都抓走，这就是我们火箭队对你们的报复。”
小次郎和武藏异口同声的说道：“没错，让你们这帮小麻雀也认识到火箭队不是那么好惹的。去吧，阿伯怪，双弹瓦斯。”
小智则是说道：“帮学不乖的家伙，去吧，大嘴雀，比雕，去帮你们的同类。”
大嘴雀刚刚追随小智，马上又被派了出来，看到自己刚走，居然有人要欺负自己的小弟，顿时怒不可遏，而比雕看到网子里面的波波和比比鸟，也是同样的愤怒。
大嘴雀和比雕交叉着使用了钢翼，将那张巨大网子给撕碎了，大嘴雀在火箭队的热气球上戳了一颗洞，而比雕配合默契，使用出了暴龙卷，风系和龙系强大的能量吧。火箭队给先飞了出去，大嘴雀一脸崇拜的看着比雕，渴望日后也能掌握这种力量。
“好讨厌的感觉啊......”
而小智他们把所有的比比鸟和波波以及猎雀都放了出来，对猎雀说教道：“完事后可不能再欺负别人了，要与波波以及神奇宝贝们和谐共处，知道了嘛？”
所有猎雀都整齐的点了点头，完全没有了之前的气势，毕竟现在的这个人是他们大哥的大哥，自然就是他们的老大了，而且还有一只实力那么强大的皮卡丘和比雕，这谁还敢再犯？绝对会先遭攻击。
【收服大嘴雀，奖励能量水晶500】
此时有一个波波和猎犬，同时拿出了一颗蛋，把它递给了小智。
一颗蛋是雪白色的，另外一颗蛋则是褐色的，应该是一只冰系宝可梦和一只岩石系的宝可梦。
小智说道：“我一定会好好的培育他们的。”小智，如今空间孵化手环里面又增加了两位，恐怕都可以成立一个神奇宝贝幼儿园了