外部的矛盾算是解决了，这回皇太极该处理内部事务了。
他首先要解决的就是权力问题，这一有啥事四个人一商量太麻烦了，但是他们都是旗主贝勒，后面都有实力，所以皇太极需要削减他们的实力。皇太极是很有心计的一个人，他说不能光咱们四个商量把那些小的也提上来，我们一起商量，让这些小的也立军功，其中就有多尔衮，于是他利用小的打击这三大贝勒，一点点他的实力变强了，剩下的那三个的实力变弱了。
于是他开始行动了，但是不是随时都有机会的，还有一句话就是机会是给有准备的人准备的，他第一个要削弱的就是阿敏贝勒的力量，因为这个阿敏当时领镶蓝旗，兵力已经超过了皇太极，是实力最强的一个。这个机会在皇太极继位第四年，天聪四年来到了，后金入侵关内，占领了河北的遵化，滦州，迁安和永平四个城池，皇太极让二贝勒阿敏去镇守。第二年明朝的孙传宗来打阿敏，阿敏估摸着自己可能干不过，于是脚底抹油溜之大吉了，临走的时候还把四城的人民屠戮殆尽。
这下可好了，不但永平四城再度回到了明朝手中，而皇太极好不容易建立的印象让阿敏来个消耗殆尽，老百姓都说与其束手被杀，不如力战而死，想想只有蛮夷之邦才会去屠城，所以以后后金将非常不顺利。皇太极知道他会惹祸没想到他居然把天给捅破了。于是召集众贝勒共议阿敏之罪，在朝堂上这段就能看得出来皇太极对阿敏已经是早就想动手了，
皇太极：“阿敏，我问你你知道你犯了什么罪吗？”
阿敏：“我知道，我丢了永平四城。”
皇太极：“还有呢？”
阿敏：“这是我唯一的错，我知道你看我不顺眼，但是别想给我安罪名。”
皇太极：“好，前年你去攻打朝鲜，是不是想自立称王？”
皇太极说到这的时候特意看了下下面其他的贝勒，大家都用惊恐的表情，心想这次阿敏是废了，皇太极不会放过他的。
阿敏：“少跟我扯之前的，你不是没让吗？”
皇太极：“好，不说之前的就说这次，我没有治你城丢了的错，我问的是你城丢了之后你干嘛了？”
阿敏：“啥也没干。”
皇太极：“你是不好意思说吗？好那我来说，你丢了城池之后，你干的是屠城，掳财，抢女人，对吧。”
阿敏:“对，这都是之前老汗王在的时候我们每打下一个城必须要做的，不能将资源留给那些南方蛮子。”
皇太极：“好，我问你，永平四城是你打的吗？是我用真情感化的，永平四城的百姓是看了我出的安民告示才好不容易归降的，你倒好，你这么做，你告诉我以后还谁还敢向我投降，明明不用流血的城池，可以轻易招降的城池，我们都得打了，因为我后金的军队都是野蛮人，投降也是给你杀掉。无形中，我们会有多少将士要死在这上面，你说说你还不知罪吗？”
这个时候的阿敏远没有当时的嚣张气焰了，他也是平常骄横跋扈惯了，得罪了不少人，没人替他说话，最后旗主贝勒们列举阿敏十六大罪状，认为他其罪当诛，但是皇太极没有杀他，只是判他个终身监禁，这样阿敏就退出了南面而坐，而金銮殿上就剩下了三把椅子了。
接下来轮到了莽古尔泰，天聪五年，皇太极率领后金军跟明朝对阵大凌河，莽古尔泰率领正蓝旗与明朝对抗，渐渐败下阵来于是想让镶蓝旗进行支援。没想到皇太极说你们所部兵马常常不听号令，贻误战机。这句话一下子就让莽古尔泰就火了，两个人就吵起来于是什么陈芝麻烂谷子的事情都记起来了。莽古尔泰说你就是看我正蓝旗不顺眼，你整死了阿敏还要整死我吗？于是越说越上头，手就握在了刀把上了，皇太极一看更是火上浇油说了一句，你本来就是靠杀你亲妈向咱爹邀宠的小人。这句话说完莽古尔泰就要拔刀，但是弟弟给他直接推出去了，刀虽然没有拔出来，但是露刃了，这就足以治罪，君前露刃，于是皇太极将他和硕贝勒的头衔降为了多罗贝勒，罚银万辆，至此莽古尔泰也被皇太极压下去了一头，不能平起平坐了，而且这个时候也能看出来皇太极可以控制着局面了，要不我要弄你你不同意，他要是控制不了局面可能自己的位置都不保。
大贝勒代善一看这架势，看来我弄不过老四，还是算了吧，于是自己请辞放弃跟皇太极平起平坐的权力，说之前蒙大汗器重与您南面而坐，但是我转念一想，既然已经尊您为大汗，怎么能跟您平起平坐呢，这得多大脸啊，你就应该你独居正座，方显威严。皇太极一番谦让之后，当然这都是客气话，才同意了建议，然而，代善这件事情还没有了结，从这点上就能看出来，皇太极是不会给对手任何的机会的，因为代善虽然退出来了四大贝勒，但是威望还在，这也是一个潜在的威胁。
1635年，皇太极召集贝勒大臣举行会议，就代善私自设宴给对皇太极心怀怨恨的姐姐哈达公主这件事情，斥责代善对自己的不敬之罪，并且又将其他罪名一一罗列。并宣称自己准备退了，你们看着选择一个其他的贤君来重整我后金的基业吧。
一方面他在看众位贝勒对他的忠心程度，一方面也在看代善到底对于汗位到底是个什么态度，后来他发现众位贝勒呼吁要定代善的罪，并且剥夺了他和硕贝勒的名号，其实皇太极根本就是借题发挥，发现大家对自己还是很忠心的，特别是大哥代善也没有想夺皇位的意思，于是便对代善仅是罚了俸禄这点意思的处罚。
自此，对他威胁的三大贝勒的势力全部清除，其他的贝勒的势力跟他皇太极又是不能抗衡的，这个时候的他才是真正的后金的主人，他的文治武功治国才能才开始真正没有阻碍，显示的的淋漓尽致了。