滨海市地铁二号线的末班车在隧道里发出异常的蜂鸣，秦明的指尖刚触到地铁扶手，电流般的震颤便顺着神经窜遍全身。监控屏幕上，七名乘客在车厢内同步抽搐，手腕的电击痕迹呈齿轮状扩散，与他体内纳米机器人的频率完全吻合。“调度中心报告，”林当的声音从对讲机传来，“所有地铁隧道的混凝土支柱检测到次声波，频率1.7赫兹——和沉箱案的应力波一致。”
解剖室的无影灯照亮了第一具尸体的手腕，电击灼伤的中心嵌着微型齿轮状金属片，齿纹间卡着地铁轨道的铁锈。秦明的手术刀划开皮肤，金属片内侧的二维码在紫外线灯下显形，扫码后跳转到周明山实验室的加密文档：“地铁共振计划——利用城市地下管网，将每个地铁站转化为沉箱共振腔。”他的瞳孔骤缩，文档里附的基因检测报告显示，死者均携带陈立的dNA片段——但比对后发现，这是经过篡改的“齿轮适配型”基因。
“看这里。”林当指着尸体后颈的皮肤，用酒精擦拭后显形出地铁线路图，三十七处红点标注着正在施工的地铁站，“和沉箱案的齿轮坐标重叠，他们要在城市地底重建沉箱阵列。”她突然按住秦明的手腕，触感异常发烫：“你的脉搏频率和地铁隧道的次声波同步了，纳米机器人在吸收共振能量！”
凌晨的地铁调度中心，林涛调取的监控录像里，穿工作服的身影在隧道内放置齿轮状装置，腰间挂着陈立同款的潜水刀。当镜头捕捉到对方转身，后颈的皮肤下，金属齿轮与地铁轨道的铁锈发生反应，显形出“38”号标志。“步态分析匹配陈立，但dNA检测……”林涛的声音带着困惑，“显示是周明山和陈立的基因融合体。”
秦明的手机在此时震动，匿名短信附带的视频里，假陈立站在地铁隧道深处，背后是三十七座齿轮状的混凝土支柱，每座都刻着沉箱受害者的工号。“喜欢我送的城市齿轮吗，秦明？”对方的声音混着地铁的轰鸣，“当列车穿过共振腔，你的纳米机器人就会启动——让整个城市的地底，成为最大的沉箱。”视频最后，对方掀起袖口，三道勒痕与周明山的旧伤完全一致，却在掌心纹着陈立的月牙形疤痕。
地铁突然停电，隧道内的应急灯亮起，秦明看见自己的影子在混凝土墙上投出齿轮形状。林当的手电筒扫过隧道，发现齿轮状装置正在吸收地铁轨道的电流，表面的铁锈显形出沉箱案的死亡时间线。“他们在利用城市电网的工频电流，”她迅速计算，“50赫兹的电流与次声波叠加，会形成能震碎混凝土的共振波。”
当第一列地铁驶入隧道，秦明体内的纳米机器人突然失控，他不受控地走向轨道。林当的呼喊被列车轰鸣淹没，千钧一发之际，陈立母亲寄来的铁盒从口袋掉落，里面的雪花标本在次声波中发出荧光，竟与地铁齿轮装置产生反共振。“是沉箱受害者的dNA！”林当抓起标本洒向轨道，三十七片雪花在空中显形为沉箱骸骨的轮廓，硬生生将列车逼停。
假陈立的身影从隧道阴影中走出，手中握着真正的陈立潜水刀，刀柄的珍珠在反共振中发出强光。“你输了，”秦明盯着对方眼中的挣扎，“陈立的基因里，从来没有齿轮的诅咒。”刀刃相交的瞬间，珍珠的光芒穿透了对方的袖口，露出底下的条形码——那是周明山基因实验室的克隆体编号。
地铁隧道传来混凝土开裂的声响，齿轮状装置开始崩解，显形出周明山的全息投影：“愚蠢的法医，城市的齿轮一旦启动，就永远不会停止……”话音未落，投影被雪花标本的荧光击碎，露出装置核心处的微型硬盘，里面存储着所有沉箱受害者的临终影像。
解剖室的黎明来得格外漫长，秦明看着硬盘里周明海的最后视频：“哥，混凝土初凝还有12小时，我用指甲刻了首诗在齿轮片上，你听——”视频在此处被杂音打断，但背景里清晰传来37下敲击声，正是沉箱案的关键证据。林当突然指向硬盘的创建时间，正是陈立“死亡”的日期：“他早就知道会有这一天，所以把证据藏进了克隆体的基因里。”
三个月后的地铁二号线恢复运营，秦明在新建的沉箱纪念站看见，隧道墙壁的混凝土里嵌着陈立的雪花标本，每片雪花都包裹着纳米齿轮的残骸。他的手指划过光滑的墙面，体内的纳米机器人终于不再发烫，却在掌心留下淡淡的齿轮印记——那是沉箱案最后的馈赠，也是法医与真相的永久契约。
当末班车的灯光照亮隧道，秦明看见车窗倒影里，假陈立的身影站在月台尽头，朝他举起了染血的潜水刀。刀刃反射的光芒中，他后颈的条形码正在消失，取而代之的，是陈立同款的月牙形疤痕。地铁的蜂鸣响起，却不再是死亡的共振，而是沉箱受害者们通过齿轮，向世界发出的，迟到二十五年的，无声的证词。