于是，新阮为了集中力量对抗旧阮，便大开门路，招募华南中国人西进参战，正好这时华南诸省，各有不少渔民生计困苦，不堪安于本业，于是不少中国渔民也铤而走险，到西山阮氏旗下做了雇佣军。同时在南海之上，也一直做着劫掠船只的勾当。这样他们一方面在安南内战中发了战争财，得以用安南官爵招揽部众，一方面本来身份只是海盗，在旧阮那里走私法式枪炮，也没有多少限制。凭借这番左右逢源，一批海寇迅速崛起，即便清政府招安了其中一些帮会，也一样于事无补。
此时的欧洲，同样在经历由古代世界到近代世界的关键转折，之前的嘉庆三年，法国军官拿破仑南征埃及，建立了巨大声望。也正是阮元与那彦成这番对话后一个月，拿破仑北上发动雾月政变，夺取了法国军政大权。同时，欧洲其他君主制国家组成的第二次反法同盟，也在这一年达到高潮。东南亚的法国军官大多是传统保皇派，自然希望通过扶持旧阮，在安南和法属印度重振声威，与反法同盟一道反击法兰西共和国，迎回王室。所以在训练旧阮军队、提供武器帮助方面，他们也花费了不少心力。只是对于南海海盗，他们似乎并不在意，走私火炮之举，他们也索性听之任之。
由于得知南海多有海盗猖獗，部分唯利是图的欧洲商人，也借用租住澳门这一踏板，在此时走私火炮给海盗。有了法国和葡萄牙的新式炮械，即便总数不多，海盗们也有了与清朝海防对抗的勇气。一时间沿海闽浙粤府县，频繁遭到海盗袭击，三省水师，虽疲于奔命，却收效甚微。不少海盗甚至组织起了庞大的海上帮会，一时华南、福建两地的海盗，竟多达数万人，即便沿海各镇水师加在一起，也不如海盗数量庞大。
对于海盗声势浩大，甚至无论人数船只，都已经在与朝廷的对抗中占到上风之事，阮元也有耳闻。这时想起自己督学之际，沿海百姓四散奔逃，躲避海盗之苦，也不禁连声叹气，一时竟也寻思不出什么好办法。毕竟自己为官十年，不是做翰林，就是做学官，或者主持礼部丧仪之事，这些事务与防范海盗之事，似乎相距甚远，或者说并无任何交集。
这时阮元送别那彦成，也已经到了裕陵正门之前，门前正有一队仆隶，四散着清扫正门尘土。其中一个原本背对着二人，发辫灰白，手上扫帚也缓慢无力。听到官靴之声，才慢慢转过了头，看着阮元与那彦成，一时无语。可阮元见了这人样貌，却不禁吃了一惊，一时之间，甚至忘了移动脚步。
只见这人虽显憔悴，原本相貌，却似清秀。虽是双目无神，可面上褶皱并不多，其实只有四十上下年纪。手上肌肤白皙，又多有皲裂之处，显然对于洒扫之事并不习惯。缓慢的步子之中，隐隐却有一股从容高傲的贵气。正是之前和珅的心腹，与那彦成也曾一同做过军机大臣的福长安。
那彦成见了福长安样貌，自也清楚。于是拉了阮元到一旁，小声道：“不错，就是福长安。那日皇上派他监视和珅自缢之后，他已是五内俱裂，再不能有半句违逆圣意之言。想着他已经这般模样，皇上便免了他死罪，只定了斩监候。后来他在大狱之中，也算规矩，于是皇上特意赦免了他，只来这里备充洒扫之事。原本苏陵阿也一并来守陵的，上个月已经病死了。看他这个样子，我看日后也再没有出头之日了。”
阮元点了点头，可福长安沦落至此，自也令人哀叹。不禁又回过头，暗自瞥了福长安一眼，福长安却也不愿再理会阮元，这时已把头又侧了回去，只在一边默不作声的清理着地上污垢。回想一年之内，京城故地，已是物是人非，自己心中竟也有些凄凉之感。
各人这时自然不会知道，嘉庆对福长安还算客气，后来又复了他做总兵、正黄旗副都统，可均无实权可言。直到嘉庆二十二年，福长安去世，终是没有再受嘉庆重用。
而阮元送别那彦成后不过两日，也回到了京城。这一次嘉庆又任命他兼理国子监算学，也正是在他“兼理算学”的半个月里，《地球图说》的十九张补图绘制完毕，与《地球图说》一并刊行。而阮元历经三年，潜心编撰的算学名着《畴人传》，也终于完成了最后的定稿。阮元也将浙江收录诗文唱和之作，编为一书，取名《定香亭笔谈》。在浙江许下的修书之愿，到这时终于渐次完成，只是刻板之事，尚需一段时日罢了。
在阮元的所有着作中,《畴人传》无疑是一部划时代的作品。这是中国古代目前可考的第一部专为数学家、天文学家所作的传记。也总体记载了中国自上古时代，直至十八世纪末已知的所有数学、天文学成果。全书共四十六卷，记载中国古代数学家二百四十三人，另附西洋数学家三十七人。正式确立了数学家、天文学家在中国古代的重要地位。《畴人传》也贯彻了清代朴素的科学精神，对于历代以来经常与数学家、天文学家混淆的以占卜、望气、卜卦、谶纬闻名之人，一律不予收录，更显其科学价值。阮元在浙江时，便已对此书无比重视，此时经历三年呕心沥血，终于大功告成，也不由得在家中举宴，全家欢庆了一日。
饮宴之间，阮元也忽然想起，在浙江时他开始编修这些书籍，最初经费不足，还是孔璐华为他多垫了不少银子。之前洪亮吉之事，虽然性命为大，可对妻子而言，似乎总是有些歉疚之处，这时自然也要对孔璐华道谢了，便举杯道：“这次《畴人传》和《地球图说》能够成书，想来也有夫人的功劳，在杭州时，我们家中薪俸原本不多，也是夫人慷慨相助，这书方有修成之日。所以这杯酒，也是我该敬夫人的，就请夫人与我同饮，如何？”
孔璐华也不客气，笑道：“没想到啊，夫子在外修书，还能想到家里的人呢。”说着，也与阮元相敬同饮了，又道：“可是夫子，书之姐姐有个问题，一直在问我呢，她说你讲《汉书》的时候，说起过西汉那个京房，是个占卜算卦的能人，对《周易》也多有精研，可为什么你编那《畴人传》，却没有京房的名字呢？”
“这个我不是已经说过了吗？京房虽善占卜，但天文算学并无建树，是以我此书便即不录了。”阮元原是随口应答，忽然之间，却依稀感觉孔璐华言语之中，竟有个陌生的名字，也不禁问道：“夫人，你说书之……那是谁啊，我们家没有人叫这个名字吧？”
“夫子在说什么啊？”孔璐华不禁有些幽怨的说道：“方才还以为夫子对家中之事，已经有所照顾了。不想你还是原来的样子，真让我们姐妹失望呢。书之就是文如的字啊？你说是不是，文如姐姐？”
刘文如看着孔璐华，似乎也有些不好意思，一时面上也是一阵娇羞，静默了半晌，方小声道：“夫子，这……是这样的，夫人平日与我们讲书，总觉得既然男子有字，女子自然也该有个字才对，于是我们也各自……各自寻了个字出来，夫人说家中有座书斋，叫唐宋旧经楼，她就叫经楼夫人了。雪妹妹取了字叫月庄，至于我……我也想不到别的，就取了这个字出来。”
“姐姐就是这般胆小，照我说啊，夫子和那洪亮吉，本就是一路人，瞧不起我们女子的。要不然怎么连我们取字的事，都听得这般惊异呢？”孔璐华也在一边揶揄阮元。
“这……夫人也是误会了，我哪里……”阮元还想辩解。
倒是刘文如清楚孔璐华心意，这时也鼓起勇气，轻轻拉了一下阮元，在他耳畔小声道：“夫子，夫人是觉得她帮你救了那洪翰林，你也该有些表示才对啊？比如……夫子有没有什么礼物，可以送给夫人啊？”
这一下倒是提醒了阮元，忙对刘文如点了点头，转过身来，略一思索，似乎身上还真有个礼物，在怀中摸索了一阵，竟然取出了一只荷包。于是对孔璐华道：“夫人，这荷包却是个贵重之物，这个是前些日子我办完大礼之事，皇上见我辛劳，特意赏赐我的，可是……是高宗皇帝的遗物呢。有这般礼物，夫人的气该消了吧？”细看那荷包时，只见上面前后各绣着两条小龙，张牙舞爪，甚是生动。荷包中似乎还装有香料之物，这时各人细细闻将起来，还能闻到一阵淡淡的清香。
孔璐华看了荷包，粉嫩的脸颊上也出现了一丝晕红，可看着阮元，却似乎仍是有一种怨气，道：“夫子送礼物，就这般敷衍呀？看你方才不过摸了两下，就拿了这个荷包出来。给夫人送礼，就是这样潦草的吗？书之姐姐，月庄妹妹，你们说就这样的送礼，我该不该原谅夫子呀？”看着孔璐华又羞又怒的样子，刘文如和谢雪也不禁笑了出来。