嘉庆八年六月之末，庆桂结束了浙江的调查之事，便即北上，阮元也因朝觐嘉庆之故，与孙星衍一路随庆桂北行。离开杭州之前，张承勋也再次找到阮元，向阮元告知杭州八旗入学之人日渐增多，但旗人乡试只能在北京应考，多有不便，希望阮元上报嘉庆，建议嘉庆恩准旗员一律在本地参加乡试，阮元也答应了他的请求。
然而这次阮元等人的北上之路，却是异常坎坷。坐船方才抵达淮安，距离黄河尚有约百里，突然之间，天上竟是大雨倾盆而下，一连两日都不能停歇。而淮安的河道之上，这时竟密密麻麻的堵上了数百条漕船，阮元等人坐船在后，全然不能动弹。而且看前面漕船模样，这些时日下来，竟动也没动得一下。
“你等都是这里主办漕运之人，那你们可知，这里究竟发生了什么？为什么我们的船都这许多日过来了，竟全然不能前行？我们入京朝觐误了时日，是你们担待得起的吗？”眼看漕船堵塞水道，北上或许要因此延误多日，庆桂也不免焦躁起来，忙唤了这里两名巡检过来，想着向他们问清其中缘故。
“这……请大人恕罪！”那两名巡检只是九品小官，这时见了庆桂这般京中大员，自是惊恐万状，只好支支吾吾的回答道：“大人有所不知，今年夏初，黄河淤沙忽然大涨，河口顿时淤塞，已……已有一个多月了。又赶上这几日，暴雨下个不停，黄河积水，现在……现在已有不少倒灌进了运河，水道实在危险得很，所以……所以这许多漕船才停在这里，不敢北上……小人们误了大人行程，实在罪该万死！”
“行了，本官也定不了你们的罪！”庆桂怒道：“那你这里河道、漕运总督，都干什么去了，河口淤沙，他们没有去挖吗？这里堤坝，他们就不能及时加固一下吗？！”
“回大人，漕……漕帅吉大人已经前往礼坝，在那里监修多日。河……河督吴大人也已经派了人手，前往黄河口挑挖淤沙，想来再过些时日，也就……也就……”两名巡检支支吾吾的答道。这时漕运总督正是当年在步军统领衙门帮助嘉庆铲除和珅的吉纶，南河总督则是吴璥，都是勤勉尽职之人，看来河道上能做的事，二人都已经尽力去做了。
“好了，你们先下去吧，也给本官传个信，告诉吉大人和吴大人，本官北上事小，漕粮北运可是国家根本大事！若是只一个月，皇上自可宽大为怀，但若是拖延时间长了，就不要怪本官没警告你们了！”庆桂自也清楚河道疏理绝非易事，是以只警告了两名巡检，便放了二人回去。一行人眼看水路被阻，又急着北上面圣，只好相继改作乘轿，绕过漕船前往黄河渡口。看着黄河之水竟成漫天之势，先前的堤岸，一半都被淹没不见，沿河上下，已成泽国，各人也不禁心中惊惧，可又不能违了皇命，只得找吉纶借了几艘还算稳固的大船，将一行人渡到了北岸。到了宿迁，雨势渐歇，方才换回船只。
这日行船即将到达济宁，阮元也知道孙星衍将要前往兖州赴任，便在舟中备了酒菜，准备和他道别。孙星衍与阮元共事四年，这时又怎能轻言离别？一时便也强打起精神，与阮元共饮了数杯。见阮元酒量本浅，多半不能再饮，忽然想起尚有些事未能告诉阮元，便道： “伯元，今日这酒，咱就别再喝了。有几件事，我始终放心不下，还望离别之前，你能听我再唠叨几句才是。”
“渊如兄，你只管说吧，我……我一定都记着。”阮元也清楚孙星衍之言必是至关重要之事，也打起了精神，认真听着他的叮嘱。
“伯元，这一路过来，黄河泛滥成什么样子，你我看得清楚。我正好也想起来，咱那海塘，一样尚有隐患。眼下海塘开支，虽说够用，可也仅供太平无事之时。万一有一日海潮泛滥，竟把海塘冲坏了，咱们还需要一笔备用的钱，以便日常修复。这笔钱可以从去年省下的行宫岁修银里面补足，你可不要忘了跟皇上说一声啊？”这时因嘉庆决意不再南巡，杭州行宫的维修开支也被裁去不少，是以孙星衍有此建议。
“渊如兄放心，黄河这个样子，我看在心里，也一样想着海塘呢。”阮元点头道。
“公事上就这些了，剩下的我也放心，只是私事上……”孙星衍似乎也想到了什么，却沉默了半晌，并无一语，过了良久，才低声对阮元道：“从今之后，我担心京中官员，会对你渐生反感之念，你……你可一定要做好准备啊。”
“渊如兄所言，可是庆中堂？”阮元听着孙星衍这般郑重的言语，却也不解，问道：“可是渊如兄，庆中堂我清楚啊，虽说平日有些固执，却不是个记仇的人啊？”
“和庆中堂没关系。”孙星衍摇了摇头道：“庆中堂现在已经是宰相枢臣之身，他打压你，对他有何好处？所以我想着，庆中堂未必会把牧地之事放在心上。可他下面这些人却不一样了，伯元，你可能没听过他们暗中之言，可我知道，他们心里，可都对你有意见呢。你这些年在浙江，对旧制多有更革，加上这次牧地本是旗务，你却也参与其间，所以啊，在他们眼中，你早已成了好名邀功，不惜败坏祖制的行险徼幸之徒。或许这些人本身地位也不高，对你不会有多少影响，可他们回去，必然会对其他人这般说你。到那个时候，伯元，我就不知道竟是何人，要对你不利了。”
阮元听着孙星衍之语，心中也不禁有些惆怅，回想临行之前父亲神色，或许阮承信精于世故，早已料到了这一节，只是尚未能将此事说清。而孙星衍之语虽说并无实据，却也是未雨绸缪。可他终究不愿猜忌于人，便也对孙星衍道：“渊如兄，瞧你说得，这就好似我在朝堂之中，已经为人所不容了似的，至于吗？我在杭州办得这些事，不说别人，皇上最清楚了，难道有皇上明断，还怕那些个宵小之辈不成？而且这些庆中堂的随从，连司官都不是，他们在京中说话，有几个人会听呢？”
“伯元，你为官升迁过速，有些司官之间的勾心斗角，蝇营狗苟之事，你未必清楚。可我做了这许多年刑部司官，我见得多了！”孙星衍正色道：“你以为他们眼下官品不高，可你初入朝堂之时，不也只是七品编修吗？像你一样两三年就位登卿贰之人，这有清一朝的汉臣里又有几个？他们的确大多数人才华都不及你，只能熬资历逐步升迁，可正是这样，他们之间的相互猜忌，明里暗里的流言蜚语、倾轧陷害之事，绝非你能轻易想象啊？的确，我看这些庆中堂的随从，只怕日后没一个能当大任，可如果他们回去，把你的事传给其他同僚，其他人再传几次，没准其中就会有日后得皇上重用之人呢？而且你在外省，其实也多有不便，眼下不少外官，也只是因循敷衍之辈，皇上看多了，必然对你等外臣有所疑忌，到那个时候，你说凭着之前你和皇上的交情，皇上就能对你坚信不疑吗？只怕……也没那么容易啊。伯元，从今开始，你可一定要多加小心，若是有京中之人来了杭州，也务必善待他们，总是……总是不要落下话柄才好。”
阮元听着孙星衍之语，只觉全然发自肺腑，自也为之动容，便向孙星衍回拜道：“渊如兄之言，小弟记下了。日后小弟在杭州办事，总是要三思而后行才是，绝不会让渊如兄为小弟担心。”
“如此便好，如此便好啊。”孙星衍也点头应道。眼看天色已晚，二人也散了酒席回舱就寝。次日孙星衍便留在了济宁，前往兖州上任，阮元则继续乘船北上，到了八月之初，方才抵达京城。
入京之后，庆桂等人也须继续准备北上之事，便即暂留一日。阮元闲来无事，想着孙星衍和父亲的担忧终究不是空穴来风，又听闻朱珪这时留守京城，便去了朱珪府上，想着听取一下老师的意见。正巧之前朱珪托阮元为自己刊刻文集《知足斋集》，这时也已刻毕，阮元便将此事一并告诉了朱珪。
“哈哈，伯元，当年老夫在江宁取录了你，现在看来，真是意外之喜啊。老夫这《知足斋集》今日能够刻成，将一生所作精华传于后世，却也真是知足了。”朱珪多年未与阮元相见，又听闻文集成书，自是了结了一桩心愿，心中惬意，便与阮元畅谈起来。
“不过话说回来，去年漕务之事，却也颇为遗憾。”朱珪见阮元神色如常，也回想起之前清赍银改革一事，总是心中有些对不住这个得意门生，道：“老师在皇上面前，已经将你所言之利尽数言明，可其中之弊，其他大臣也说了不少，皇上也不能只听你我师徒之言，否则……不就成了任人唯亲吗？只是后来齐聚大学士九卿集议，在场之人，却也没几个同意改制之事，老师也想着若是朝臣群策群力，或许支持你的人会多一些呢？可如今这个样子……伯元，朝廷里这些卿贰，大半都已经安于太平，若说改制，哪里是件容易的事啊？”（按清时九卿实为六部尚书、都察院左都御史、大理寺卿与通政使的合称，有时也泛指各部全部堂官。）
“老师之意，学生清楚了，老师平日力主不增漕赋，这次能帮学生让九卿集议此事，学生已经感激不尽。这清赍银改制本就多有不足之处，学生也是眼看漕务疲弊，才不得不用此应对之法。可是……”这时他听朱珪说起改制之事朝中几乎无人认同，又想起了父亲和孙星衍的担忧，便也将二人先前之语，一一告诉了朱珪。
朱珪听着阮元之语，神色亦是郑重，沉思半晌，缓缓对阮元道：“伯元，若如此说，令尊和孙渊如之言都有道理。其中之事，老夫虽参与不多，却也清楚外人所想，你也听听老夫之言如何？”