闲居家中，阮元自也再无公事，无奈之下，也只好取出了他旧存的一部《经典释文》，准备编订《十三经经郛》。只是经注之事，尚可自己完成大半，《浙江通志》编订，却事关浙江一省风土人情、财赋军务，不开通志局，绝无可能以一己之力编修。想着这次停职，多半后面便是调离浙江巡抚，这样一来，修志之事便彻底夭折，阮元抄写经注之余，也不觉时常叹息。
这日正好焦循到了抚院，来看阮元，说起修书之事，阮元也不禁对他感叹道：“里堂，这修志之事，是我在杭州最后的心愿了，只是可惜啊，如今这个样子，我这次浙江巡抚，是终究要有遗憾了。”
“伯元，这到底是为什么啊？你不过就是刘金门的事，一时失察，皇上为何对你的惩处，也如此严厉啊？依我看来，皇上这是糊涂了！”焦循这些时日一直担心阮元，这时见他两任浙江，竭力为公八年，不禁最后没得到嘉庆一句褒奖，甚至还有罢官夺职之险，也不觉为他打抱不平道：“皇上……皇上他知道什么？！不说别的，就说今年浙江米价，这能怪你吗？本来这些年浙江生齿日繁，米价就不好降下来了，今年春天，你给德清县捐了四千两银子释放赈粥，刚入夏那会儿，又在余姚、上虞捐钱施赈，两县绅士听说你捐了钱，纷纷出资相助，一共捐出了好几万两，他们为什么愿意出钱，还不是因为你捐了钱，他们相信你能把钱真正用到实处！也正是因为受灾的地方，百姓有了赈粥，生活无忧，所以咱们今年才没报灾，可皇上却还要拿米价的事挑你的不是，你平日总说皇上知人善任，可这知人善任，我今日竟是一点都没看到啊？！”
“父亲，焦伯父，杭州米贵之事，孩儿也略知一二。”这时，阮常生和孔璐华看着焦循神情激动，也一并来到了书房，阮常生也对焦循说道：“孩儿成亲以后，去年春天去过宝应，宝应和高邮，这几年一直有水灾，所以米价贵了许多，今年也是一样，他们缺米，就从苏杭买了不少米过去，这一下就把苏杭米价带贵了，本是江苏之事，却与爹爹无干啊？而且，蔡逆那边，听说这一年来，根本就没得到多少接济啊？”
“常生，依我说，不光是米价的事，这刘金门的事，我看也是扑溯迷离，原本伯元说刘金门无过，后来又说确有醉酒改文之事，可即便如此，也不过是他一时失察，就算伯元受牵连，也不过是降级处罚吧？为什么突然一下子，就多出了这连号的说法呢？”焦循回想刘凤诰一事，却也觉得不服。
“伯父，孩儿这件事也听爹爹说了不少，所谓连号，本是托大人和卢大人来了杭州以后，才传出来的，之前陆御史参劾刘大人的时候，都没听说什么连号啊？”阮常生道。
“常生，连号之事，另有隐情，你就不要说了，总之……这次也是我一时糊涂。”阮元之前并没有将刘凤诰受到逼供之事告诉儿子，这时想着其中内情复杂，还是不愿让阮常生深究下去。回想刘凤诰之事，阮元却也想起了母亲林氏临终之前，告诫自己的言语，不由得轻轻叹道：“娘……您临终前那一番话，孩儿从来记得，二十多年了，孩儿以为身边旧友皆是可信之人，自然无需多虑。可孩儿竟万万没想到，这件事……这件事却是应在了金门身上啊？”
焦循并不知道林氏临终之语，只是想着刘凤诰一案，还有许多疑点未明，便又问阮元道：“还有，伯元，那任泽和究竟是什么人？为什么他们都说任泽和是你以前的同学？我和你共事这么多年了，怎么一次也没听你说起过呢？”
“里堂，这件事……或许也怨不得夫子的。”孔璐华这时却从书架上取了一本册子，递到了焦循手上，看册子时，竟是一本乾隆五十四年己酉科题名录。孔璐华也对焦循道：“你从后面看这册子，便一切都清楚了，任泽和，确实是夫子这己酉一科进士没错，可是夫子他们当年，考中进士的一共九十八人，夫子排在第六，那任泽和……是倒数第五名啊？据我所知，这样的名次，考中以后不是六部学习，就是外放知县，夫子却一直在翰林。那你说，夫子这过了二十年，又怎么能记住这样一个同学呢？”
“夫人，这件事是我失察了，若不是我急于办理海防之事，这次来了杭州，连《缙绅录》都没有重新看一遍，要是我办事之时，能像上一次那样仔细，或许事关任泽和，我能早作些准备呢？”其实一年下来，浙江多有礼仪要事，阮元倒是也认识任泽和，只是阮元早年与任泽和共处时间不多，根本没记住他，又从来不许下属官员随便过来送礼，一年来重点布置海防，也没有特别接见任泽和一次，更兼阮元先前治浙，吏治大有改善，是以这时阮元也有些过于自信，许多查吏之法都未能重新实行。结果直到刘凤诰告知，阮元才清楚任泽和底细。这时他也不愿多言名次之事，只是自责这次巡抚之行，确有些事未能办好。
“伯元，你这些事说起来，不过只是一时失察，可如今……如今这个样子，只怕你连官位都保不住了！再说了，就算你有那么一星半点过错，你在杭州做了多少利国济民的好事，难道皇上他们都忘了吗？”焦循想着阮元如此困境，不觉心中怨愤，便数着阮元治浙之功，一条条说道：“伯元，别人记不住了，我焦循记性好，我都记得呢！你初来杭州一月，便平定钱塘浙东盗匪，紧接着，练保甲、整武备、造船炮、御洋盗，松门大捷！这些年，浙江凡大灾之年三，有灾之年七，三次大灾，你尽心放赈，不使奸吏得半分可乘之机，金华戒溺女，全万千百姓性命。断狱如流，不使京控。整修海塘，废帮办冗费而海塘安堵。浙南立棚民保甲，浙东开千顷良田。北新关废除杂税，之后反而年年盈余。海宁仓立依斗定尺，再无贪吏上下其手。育婴堂普济堂，解贫民之困。兴盐政改牧地，使赋税充足。建诂经精舍，多所编修着述。疏杭城水利，西湖再无水患。湖州建粥厂，萧山浚河塘。灵隐寺书藏兴立，东海上蔡牵不日败亡！伯元，我以前读书，也以为司马温公之言乃是至论，天下赋税有常数，不在官则在民，以为所谓民不加赋而国用足，不过求利之辈妄言。可我看着你办事，才终于明白，度支有常法、府库规矩严明可行、百姓之言可以上达抚院，官吏便不得厚敛以欺下，盗窃以侵上，百姓没了额外负担，自然不用加赋，府库没了奸吏偷漏侵吞，没了不知数算之人平添那许多无益开支，自然国用便足！伯元，我……我以前看着你，我觉得这大清天下，若是多几个你这样有实才的督抚，或许……或许盛世就要回来了。可如今……如今这官场，还是当年我入幕时候那个官场吗？！”阮元两抚浙江，查吏治军、整顿钱粮、救灾恤贫、便利商旅、农田水利之事，所办多不胜数。乃至后世修史之时，史官无从下手，仅在阮元传中写下“两治浙，多惠政”短短六字。竟使阮元诸多为政之法，后世渐渐无闻。若不是焦循、阮亨等人多有撰述，阮元治浙之功，也不知尚能为后人记住多少。
“里堂，这些都是我应做之事，你何苦如此呢？再说了，官场之事，你……你不要这样说，朝廷那里，我一直在英侍郎面前举荐你，英侍郎他也同意了，说只要你愿意入朝做官，他一定尽力提拔你，让你也能做一番利国利民的大事，你……你可不能……”阮元与英和亦多有书信来往，想着焦循若一直为自己做幕僚，不免有些大材小用，便也数次在书信中举荐焦循，而英和对焦循也从来礼敬，已答应了阮元提拔焦循之事。
“伯元，我……多谢你好意了。可如今的朝廷，就算恩师来请我，我……我也不愿意出去了。”不想焦循这时，避世之念已然坚定，道：“过不了多久，我看我也该回扬州了，这次回去，我也想着在乡间另筑一楼，日后便终老扬州，能把我治《易》讲《孟》之言尽数流传于世，我意已足，至于其他，我是再无他念了。”
“里堂，你……”阮元听着焦循之语，心中也不觉有些失落，可即便如此，这时他又有何言语，能够劝慰焦循？一时间自己、阮常生、孔璐华三人看着心灰意冷的焦循，都是心中酸涩难言，只看着外面夕阳西下，焦循自别了阮元归去。抚院书房，重归一片寂静。
而阮元也清楚，这一次，嘉庆对自己的处罚，应该绝不会轻了。
果然，就在刘凤诰被押解归京之后，嘉庆再次召集了所有军机大臣，以及禄康、长麟两名并非军机大臣的大学士，此外，这次会议中还多了一名户部侍郎桂芳，桂芳是觉罗出身，嘉庆见他出于皇室疏属，行文言事又颇有见地，便对他履加提拔，不少要事决议，也都让他在一旁参与。但由于先前黑档一案，同为大学士，之前又曾与阮元一同上疏折漕的费淳，并没有参加这次会议。
“阮元去年的折子，你等也都看到了。”嘉庆这日见众大臣齐聚，也将阮元先前的奏折让各人再看了一遍，道：“这次刘凤诰连号之事，已经证据确凿，刘凤诰也已经认罪，所以今日朕也想问问你等，阮元在这件事中，究竟有无过错，如果有，你等认为，应当如何处置阮元为好？”
“皇上，臣以为阮元于刘凤诰之事，不能无过。”庆桂率先发言道：“去年年末，杭州已有刘凤诰打骂军士、协同舞弊之风传，阮元当时若是详加调查，绝不可能说出‘本未得有实据’这般言语。是以臣以为，阮元或有疏于职守之过，当暂停巡抚之职，归京听候发落。只是……阮元或是疏于职守，亦或是有意徇隐包庇，若是他确有包庇之举，则议处之时，应该从重。”庆桂在萧山之事过后，虽不再与阮元处处针对，却也与阮元并无其他交情，是以这时嘉庆问起，便即建议从严查办。
“皇上，臣以为，阮元此事，并非玩忽职守，就是徇隐纵容！”不想托津态度，竟比庆桂还要严苛：“阮元平日在浙江办事，号称从无差错，皇上累次加恩，吏部亦曾议叙，如此想来，阮元绝不可能在这种汹汹众口的大事上，说出‘本未得有实据’这般言语！如果他确实说了，那只有一种可能，就是他故意包庇！所以臣以为，阮元之事，应当严加查办，若是阮元也有受贿之举，则当革除阮元一切官职封敕，将阮元遣戍新疆！至于刘凤诰，他伙同同科进士任泽和，在浙江乡试收受贿赂，为任泽和连号作弊，此国家取士之根本大事，绝不容刘凤诰如此亵渎！是以臣请皇上，处刘凤诰绞监候，以慰天下士子之心！”
“皇上，臣也以为，托侍郎所言有理，阮元在杭州前后两任，从来空好虚词，唯图矫饰，阴结士人之心，实损皇上盛德。是以此番惩处阮元，应当从严查办！”禄康也附和托津道，他与托津一样，平日多听京中官员嫉妒阮元之语，自然也对阮元没有什么好感。二人如此一说，就连最初发言的庆桂，心中都暗称不妥。
“皇上，臣以为，此事阮元确有失当之处，可眼下形势，若是让阮元如此归京受审，则更为不妥。眼下东南沿海，盗匪渐次剿除，唯有蔡牵一帮苟延残喘，据臣所知，蔡牵眼下，补给尽断，弹药耗竭，实已无力再与朝廷相抗，如今大计，当是及时出兵，一举将蔡牵剿灭，永绝后患！而阮元前后巡抚浙江八年，海防之事他最为清楚，若是这时贸然调他归京，臣只怕海战之事，有功亏一篑之危！是以臣斗胆上言，请皇上暂缓惩处阮元之事，待秋后海疆之事有了结果，再行查办不迟！”只有戴衢亨想着阮元对于海防之事至关重要，在托津等人一并要求严办阮元之际，仍在向嘉庆求情。