阮元等人一路东行，很快在天津见到了许兆椿，与他交接了漕运总督印信之后，阮家行船便也与暂留天津的许多漕船一道南下。至十月份，阮元一行终于抵达淮安，也住进了漕运总督部院之内。
淮安在清中叶时，正处于运河和黄河交汇之处，南方六省漕船，俱要从此北上，而南河总督所驻之处，就在淮安府城之北的清江浦，是以运河之上，从来船行如织，往来不绝。而数以万计的船只过境，也让淮安商贾云集，店铺林立，以供漕帮歇脚饮食之用，更兼淮安地处淮盐产区与扬州之间，也有不少盐商往来城中，更使得淮安食宿衣着之繁侈，几与扬州一般无二。淮安府城下属山阳县，在雍正年间有丁口十六万，而嘉庆《一统志》所载淮安全府人口，已达一百六十三万之数，《淮安府志》亦有言曰：水陆之冲，四方辐辏，百工居肆，倍于土着。淮安此时繁盛之景，可见一斑。
漕运总督府位于淮安府城正中镇淮楼之北，亦是历史悠久，自元朝之时，便为肃政廉访司所在，明初为淮安卫，万历时移漕运总督于此处，至清不变。经过百年扩建，这时漕运总督部院除了大堂、大楼、后厅等正堂，亦有书吏房二十余间，兵勇房三十余间，气象森严，不下各省巡抚部院。阮家诸人见了漕督部院这般气象，也自然连连赞叹。
“没想到啊，过了三年，夫子又可以出镇一方了。这总漕部院看着啊，却也和巡抚部院一样呢。”孔璐华对阮元说道。
“是啊，漕运总督本来官品就同于巡抚，只不过职分之上，略有不同罢了。”阮元也点了点头，不觉感慨道：“三年了啊……既然来了这淮安，也总要对得起这个漕运总督之职啊。”
“夫子还是一样呢……不过眼下漕船都回江南去了，夫子就算想做些什么，现在也不是时候啊？”
“怎么不是时候了？夫人，我来的时候可就听说了，江西有十艘漕船，因水患迟延了数月，如今方到淮安，正想着将漕粮暂时留在这里粮仓，待来年一并北上呢。我这就去看看，或许啊，能寻出些头绪呢。”看起来阮元对于这次外任漕督，早已做好了准备。
“哈哈，夫子还真是勤快啊。”
不想阮元之言竟一语成谶，两日之后，在清点漕粮之时，阮元果然发现了其中问题。
“这里十艘粮船，所运漕粮都清点清楚了吗？”阮元向下属书吏问道。原来这一日，阮元亲自来到了运河对岸的盘粮厅，与督署书吏一并清点了十艘船上漕粮，阮元左右各有一名书吏，正在清理账目，厅前尚有十余名水手，一名旗丁，正在等待阮元的清理结果。
“回漕帅，这里所有漕粮，都已经清点完毕了。”阮元左首那书吏答道，所谓“漕帅”便如“中丞”一般，是当时对漕运总督的一种简便称谓。
“你们这是怎么回事？”阮元听了书吏之言，当即对那旗丁怒道：“李祁运，我看你做旗丁也有七年了，一艘漕船应该载运多少漕粮，你心里不清楚吗？你看看这笔账，你十艘粮船之上短缺漕粮，已有五百七十石之多！你说说，若是这短漏漕粮之罪坐实，你该当何罪？！”
“漕帅大人，都是小人的错，是小人该死啊！”那李祁运从来听闻阮元精于数算，眼看阮元说出他漕船亏漏之数，也不敢再行辩驳，只跪在了地上，对阮元哭道：“漕帅大人，小人……小人们也是迫不得已，生计为之啊，大人，小人以后一定严驭下属，绝不使漕运再有短漏漕粮之事，还请大人饶命啊！”
“迫不得已？那你可知，你们短少的漕粮是什么情况吗？”阮元果然没有留情，而是继续对他斥道：“你等漕帮旧制我也清楚，一年漕运四百万石，共有粮船一万艘，这样看来，每艘粮船当载米四百石，你十艘船少了五百多石米，相当于说每一艘船，都出现了八分之一的亏损！若是所有漕帮都像你一样办事，一年朝廷正赋漕粮要少五十万石，那国库还如何充实，国家亏空，还能怎么去补上？！”
“大人，这……实不相瞒，这些事，小人也想管啊。可是……可是小人也管不了啊？”李祁运看着阮元声色俱厉，更是泣不成声，道：“大人或是初任漕帅，这些事大人还不知情，其实沿漕水手，这些年来大多生计短绌，入不敷出，若是……若是仅靠现下这些微薄收入，根本就养活不了自己啊？所以……所以下面有些私贩漕粮的事，小人也只能睁一只眼闭一只眼了，大人……是小人不这么做，小人这旗丁之职，也保不住了啊？”
“这是你等偷漏这许多漕粮的理由吗？”阮元依然不肯放松，对下面旗丁水手斥道：“你们一艘漕船少了五十石米，这些米分到你们身上，每个人就算五石吧，这都是上等漕粮，依市价，能给你们折十几两银子出来了！你们一次运粮津贴四两，这是皇上十几年来给你们涨了两番的结果，可你们偷粮食换的钱，是你们津贴银的两倍不止！你们就算平日入不敷出，需要再行补贴，也用不了这么多银子！更何况，朝廷也有定例，你等北上之后，自可运送商货南下贩卖，用以补贴用度，即便如此，你们还嫌不够吗？”
“大人，这……这水手的四两银子，实不相瞒，根本就不能足额发放啊？”不想李祁运却继续对阮元道：“大人有所不知，我们江西漕帮，从来就很难从漕运上拿到足够津贴银，而且平日漕船过淮，这从漕督到盘粮厅的老爷，哪个不得交一笔帮费啊？所以……所以即便我们带了商货南下，漕帮里也是将赚来的钱集中给帮主，帮主交了帮费，剩下的才均摊给下面的水手，这到手的银子，却还有多少啊？至于大人所言失却漕粮之数，小人也不会算账，又哪能记得那么清楚呢？”
“盘粮厅可有滥索帮费之事？”阮元又向身边两名书吏问道。
“这……漕帅大人，小人也只是耳闻确有此事，却……却未曾亲见，小人平日没……没有滥收任何帮费啊？”右手边那书吏也对阮元慌道。
“哼……若是你等能够认真清点漕粮，这些漕丁还会如此肆意偷漏，而盘粮厅全然不知吗？”阮元看这书吏模样，多半也是收过帮费银的，只是不如一般盘粮厅之人所收那么多罢了。饶是如此，想着一年以内，清点漕粮毕竟还需要依靠这些吏员，阮元还是把话压在了心里。
可到了这时，阮元却也已经看出，漕运之上，水手、漕帮、淮安督漕吏员，已是尽数有弊，官府吏员用度不足，便向漕帮索要“帮费”，漕帮交了帮费，自己开支短绌，便即克扣水手津贴银，水手津贴不足，便只有倒卖漕粮，漕粮短少，就只能额外向交粮百姓索取“加耗”。漕吏与旗丁水手勾结，面对水手偷漏粮食，不闻不问，而水手也并非都是心善之人，大多倒卖漕粮者所偷漏粮米，早已超出了日常开支，是以长年以来，漕运早已出现了公私皆困的局面，想要破局，绝非易事。
“罢了，李祁运，本部院也知道若是本督就这样严惩于你，你心中必然不服，毕竟你们这是补运漕粮，还算是心中念着漕赋之事。”阮元也清楚，如果只是严惩李祁运等水手，不能从根本上解决漕运问题，那么以后还会有水手铤而走险，进而出现更多的李祁运来。所以阮元这时也终于松了口，对李祁运等旗丁水手道：“你这五百七十石米，我这里记下了，我可以给你三年时间，让你补上这些缺漏粮米，若是三年之内，你们不能如数补齐，那到了时候，也休怪我无情了，本部院那时只能将你等尽数开革，永不许参与漕运之事！还有，你等水手困顿之事，本部院可以想办法，但这不是你们盗卖漕粮的借口！你们回了江西，也速去跟你们漕帮帮主说一声，明年运粮再到淮安，你们不用再交任何帮费，但若是明年你们再有漕粮短少之事，我定当严惩不贷！你可清楚了？”
“谢大人开恩，小人定当竭力赔补漕粮，谢大人能给小人这个机会！”李祁运听了阮元终于肯从宽处理，也当即对阮元连连磕头，以示谢意，下面水手自也一并下拜，谢过阮元从宽之恩。
“还有，若是在江西那边，我听到任何你等滥行加耗的传闻，到了明年，我一样严惩你等！”阮元又补充道。
“多谢阮大人！小人绝不敢再犯了，不敢再犯了！”李祁运等人继续向阮元谢道。
只是阮元比任何人都清楚，这次清查漕船，仅仅只是一个开始。
回到淮安漕院之后，阮元也重新思考了一遍整治漕务之法，但无论帮费问题，还是偷漏米粮问题，都需要得力的精于数算之人相佐，方能成事。他已经听漕吏将清点漕粮之法尽数说明，漕吏丈量漕船，清查粮食，多用珠算，极易随时更改数字，只要吏员和旗丁水手合谋，便可以轻松骗过上级官员，这一节却也是难办。
想着焦循虽然已经归隐北湖乡间，但如果只是来淮安办事，说不定焦循尚可相助自己，便也先给焦循去了信，想着自己先到北湖与焦循一叙，再商议入幕辅佐之事。果然数日之后，焦循也来了回信，同意了阮元南下来见自己一面的请求。
这时焦循已经在扬州隐居三年有余，并在北湖故地新筑一楼，名为“雕菰楼”，冀求终老北湖。阮元便也乘了小船，连夜南下，不过三日，便即回到了扬州这片熟悉的水道之中。问过雕菰楼方位，阮元便令小船兼程前往，果然在这日落日前抵达了雕菰楼下。