这日见过洋商与百姓之后，阮元便即上疏道光，将广州火灾实情一一言明，并建议道光减免商人赋税，请求道光批准自己设立全新章程。道光看到阮元上奏，也很快批准了阮元的建议，两月之后，粤海关便即正式告知所有广州西洋商人，道光三年的赋税一律免除。而广州城西的重建工作，也有条不紊的开展了起来，直到这时，一些当日对阮元救火颇为不满，甚至恶意中伤的英美商人，才逐渐改变了对阮元的态度。但即便如此，许多素来不满清朝官府的东印度公司商人，依然对阮元抱有偏见。
不过，这时的阮元却无力再去了解这些洋商所念，因为就在入冬之际，虎门之外的伶仃洋上，又发生了一件大事。
“程中丞，你且将那伶仃岛之事再向我说明一遍，若是这件事果然为真，确有两个岛上百姓被枪击而死，那英吉利公行那边，我们也不得不去一趟了。”这时广东巡抚程含章已经到任，正在两广督院与阮元商议一件要事，看阮元的神情，这件事似乎颇为难解。
“是，我们收到的供词就是这样的。”程含章也拿着南海县事先录下的百姓供状向阮元道：“十一月二十一日时，有一艘名为‘塔巴沙’号的英吉利兵船驶抵伶仃岛，船上水手下船去找当地百姓，说是想要买些水粮。不想他们下船之时，还带了一只山羊，就在他们交易水粮的时候，那只山羊已经把当地百姓栽种的番薯吃掉了不少，而且，山羊啃食番薯之时又从土里挖出了一坛当地村民藏在地下的黄酒，山羊无知，竟将酒坛踢翻。当地百姓黄奕通、黄奕明兄弟眼看山羊顽劣，便不愿在交给水手水粮，而是想让他们赔偿番薯黄酒损失，就这样跟英吉利水手起了争执，双方都叫了人过来相互殴击，各有伤者。但二十二日早上，那些英吉利水手竟有又叫了帮手前来报复，而且这次他们带了枪，互殴之际，那黄奕明中了一枪，当场身亡，黄奕明女婿池大河见状，上前与英人搏斗，也被击中要害，听闻昨日也已身亡。此外，当地村民和英吉利水手，都有不少受了伤。”
“如此说来，英吉利水手因言语不合，与我伶仃岛百姓互殴，乃至向百姓开枪，致使二人身亡，这件事是确凿无疑了。”阮元听着程含章之语，清楚其中关键之处并无作假可能，便向程含章道：“程中丞，你现在就跟我去一趟英吉利公行，告知那边理事之人，英吉利水手无故上岸购买水粮，本已违背大清法度，更何况尚有如此互殴之事，他们既然不遵法令，那我们也需要依法严办了！”说罢，阮元便即命令袁三前去准备舆轿，不过片刻，阮元与程含章便即上轿，向英国商馆方向而来。
到了英国商馆，阮元也告知商馆之人暂时设立屏风，自己则在会客室屏风之后接见英国理事，这时清朝旧制，乃是官员不能直接接见西洋行商，必须得十三行商人周转，方才可以传达官府政令。先前阮元因命案前往“埃米莉”号，有刑案审讯事由，十三行火灾之日事出突然，不得不先行颁下谕令，这些都不算官员与商人直接交往，但这一次阮元所见乃是东印度公司的代表，是正式接见，便不得不依清制表示“回避”。很快，这时的东印度公司中国事务部主席阿姆斯顿便被请到了会客室里，与阮元隔着屏风对坐。阮元也当即向阿姆斯顿言道：
“那边英吉利大班，我这边已经将伶仃岛一事详情，托行商译成你等洋文，你应该已经观看清楚。本部堂要说的是，我大清早有旧制，若是你等西洋商人不遵法度，自当受我大清国法严惩，如今你等兵船水手与大清百姓互斗，致我百姓二人伤重而死，我自当依大清法度，暂时停止对你等的一切通商贸易之事！你且先去告知那艘兵船，让他们交出犯事水手，若是不交，那通商之事，恕我们不能接受了。”所谓“大班”，即是当时清朝官员对英国商人代表的称谓。
“总督大人，您可能是搞错了吧？”阿姆斯顿听着阮元断绝贸易之语，一时也有些惊讶，不相信阮元竟敢作出这样坚定的决断，但他很快就冷静下来，向阮元道：“我是东印度公司的商人，你所言犯事的‘塔巴沙’号，其实是我们国家皇家海军的一艘战舰，我记得船长也是上校。你让我一个商人，去跟我们国家的上校交涉案件，还要上校交出凶手，这……你不是难为我吗？”
其实阿姆斯顿所言，本也有推脱之意，东印度公司虽然名义上只是公司，但其中很多成员其实都是英国军官，甚至有不少就是英国贵族，并非完全独立于英国官方的商业机构。不过在清朝体制之下，阮元却也不需要过多思考这些问题，只向阿姆斯顿道：“依国朝法度，你等西洋商人与大清百姓有了冲突，本部堂找的就是你们公行大班，至于你说兵船之事，那我且问你，这些兵船为何要来到伶仃洋上，这可是我大清的外洋啊？还不是因为你等当年向仁宗皇帝诉说海盗劫掠之苦，仁宗皇帝宽大为怀，才特许你等兵船在外洋护航吗？既然如此，你等兵船在我大清看来，就是依附于你们商船的，他们出了问题，自然还是要找你公行负责了。这件事你也无须推脱，你尽快把我等之意告知那艘兵船，若是他们能够交人，你这里通商贸易之事，我一切恢复如故，但若是那边不愿交人，那我也不会客气！”
阿姆斯顿听着阮元之语，却也不好当即辩驳，只得先行前往伶仃洋上那艘“塔巴沙”号之上，向船长理查森传达了阮元谕令。
不想听了阿姆斯顿之言，理查森竟毫无放手之意，只向阿姆斯顿道：“主席先生，你不会听了那总督几句话，就想着对中国人屈服吧？你代表的可是我们联合王国！中国有多少贪官污吏，有多少残酷刑罚，你就这样想着把我们的人交出去，让他们滥施酷刑吗？还有，伶仃岛的事我也听我的船员向我说过了，本来就是一点无关紧要的争执，结果那些中国人非要对我的船员动武，才有了之后相互殴击之事，那总督说什么中国人被打死了两个，我们这边也有十四个人受了重伤！这样说来，他们也应该对我们这十四个人负责任！所以这一次，我们绝不交人，你就这样跟总督说吧！”
阿姆斯顿眼看理查森不同意阮元要求，便即回到广州再次通报督院。但这一次，阿姆斯顿却也感到了一丝不安。
阮元得到自己的通报之后，果然没有恢复贸易。几艘准备进入虎门的英国商船，都被虎门炮台官兵告知，不得进入内洋，否则将视为违犯清朝法度。
于是，几日之后，阮元和程含章又一次被阿姆斯顿请到了英国商馆之内。
“总督大人，您这样强令‘塔巴沙’号交出犯人，这在我看来也不合理啊？”阿姆斯顿见到阮元，便即与阮元辩论道：“首先，您口口声声说需要拿捕这枪杀黄奕明与池大河的凶手，可是我已经问过理查森船长了，船长根本就不知道是谁开了枪，下属海员如今也无人能够言明，如此情况之下，您要怎么找出这开枪的凶手呢？您这边不是也不能确认，究竟是谁开了枪吗？更何况，这件事我们应该说都有责任，您这边动手的百姓，确实死了两个，也有人受伤，可‘塔巴沙’号上面，一样有十几个人受了重伤啊？所以……您这边是不是也可以做个折中决定，就算咱们五五开，我们不要赔偿了，换你们放人，可以吗？要不然，理查森船长还想让您这里的百姓赔偿那十几个兵士呢。”至于中国百姓的赔偿之事，因为依例是十三行负责，不是英国方面出钱，是以阿姆斯顿略过不提。
“五五开，折中之法？大班先生，您觉得这是五五开的事吗？”阮元听着阿姆斯顿之言，也向他反驳道：“你们兵船是有十几个人受伤不假，可伶仃岛的大清百姓，有两人因为受了枪击，如今已然亡故！这受伤与身死，在你们看来是一样的吗？那我告诉你，依大清律例，斗殴致人身死，是应当偿命的刑罚，这里是大清海域，自然要用我们的国法来裁决此案！你再去告诉那船长，若是找不到开枪的凶手，也可以，你等兵船之人俱为一体，总是要有人出来负这个责任的！有谁当时上了岸，参与了这次斗殴，他总该知道吧？让他交两个人出来，由我广州衙门进行审判，如此我也可以恢复贸易，怎么样？”
“你……你这是强词夺理，我们国家没有这样的法律！”阿姆斯顿自然无法接受阮元的建议，也对阮元道：“按……按你的方法去做，那我们要是交出了两个无辜之人，却又怎么办？你这不是等于让我们随便放弃两个联合王国水兵的生命吗？这样的请求，我们不会接受！”
“那你且同船长言明，接受与否，我听他的回复。但你们一日寻不出凶手，不能解决此案，我们这边也一日不会重开贸易！”阮元同样毫不相让。