京师的这场官场大震动来得十分蹊跷。正月初一，郊天大礼刚刚结束，皇城警卫团指挥使燕凌就以“丁忧”为名辞官回籍，立即获得皇帝批准。紧接着逍遥伯周奎上奏，言自己于社稷并无尺寸之功，只因外戚之身份获封正一品左都督，心中颇感不安，请求免去官职，仅保留爵位。亦获朱由检批准。
二人的突然去职，引起了对政治一向敏感的朝臣的高度关注。周奎为皇后之父，燕凌为皇后之义兄，一向是皇帝的左膀右臂。二人辞官虽是主动提出，又焉知不是迫于皇帝的压力？难道说皇后已经失宠，崇祯是要为废后做准备了？
正月初二，已经怀孕的梅剑经过旅途跋涉，终于回到京师，当日即被张太后懿旨封为梅妃。因为她只知姓田，未有大名，张太后特赐名田秀梅。朱由检盛排銮仪，亲自至永定门外把梅妃接入宫中，感动得梅妃泪水涟涟。而皇后蕊儿始终未曾露面。
至此群臣更认定皇后宠幸新人，已经动了废后的心思。正月初三，年还没过完，两道奏疏便由内阁转呈养心殿。一道是阁臣李标所奏，言皇后端淑恭良，母仪天下，从未犯有过失，皇帝万不可贪恋女色冷落皇后，甚至动废后的心思。
另一道则是新任礼部右侍郎王应熊所奏，说民间尚且有“不孝有三，无后为大”的说法，皇室宗祧更是社稷至重之事。皇后自嫁入王府起，至今已三年有余，然一直未有身孕。为社稷万世永固计，恳请皇帝另立皇后。
说起来这两道奏折都是在揣摩皇帝的心思，也都认为朱由检可能会废后，但态度却截然不同。李标是东林领袖，当年以东林党为首的官员集团在万历朝“争国本”历尽艰险，却最终大获全胜，迫得皇帝不得不向大臣低头，这也是东林党最大的政治资本。如果崇祯又想重走他爷爷的老路，东林党也必然会再来一次“争国本”，借以巩固自己的地位。
而王应熊则反其道而行之。这道奏折虽然是他上的，幕后却是周延儒与温体仁在指使。他们这一派知道凭借自身的力量，难以与势力庞大的东林党斗，所以专事媚上，企图借用皇权打压东林党，最终目的是自己上位。如果皇帝确实想废后，那他们就又顺了皇帝的心意，必将更受重用。
孰料朱由检览奏大怒，破例立即召开朝会，令李标和王应熊出班跪倒，劈头盖脸骂道：“你们是用哪只耳朵听说朕要废后的？皇后与朕是结发夫妻，数年来生死与共，感情之深厚不是尔等可以胡乱猜测的！更何况老百姓都知道‘糟糠之妻不下堂’的道理，难道朕会不知？尔等捕风捉影，妄议废后，着实可恨！”
王应熊这才知道马匹拍到了马蹄子上，早吓得浑身体如筛糠，连连叩头，却连一句整话也说不出来。李标却不肯轻信，倔强地道：“可是昨日梅妃回宫册封，如此重要之礼，为何不见皇后出席？逍遥伯与燕凌又为何同时辞官？圣上如此举措，不由臣等不猜测啊！”
朱由检当即把脸一沉道：“李标，你昏聩！皇后病了，隆冬时节，有病不该静养么？至于周奎与燕凌，他们是朕之臣，并非皇后之臣。难道你们以为你们自己有党，皇后便也有党么？”
这帽子扣得可太大了，李标吓得浑身一激灵，也赶紧磕头请罪。其实自从嘉靖朝开始，官员集团中党争愈演愈烈，万历、天启年间尤甚，浙党、楚党、齐党乃至东林党，都是公开的秘密。但是这层窗户纸谁也不敢捅破了，今天朱由检一句话点出来，谁不心中惴惴？
朱由检咆哮一通后，面色稍稍缓和道：“李标、王应熊妄议废后，本应重处。念在出于忠君之心，朕又刚刚改元，不欲劇行降罪于廷臣。着李标罚俸三月，王应熊罚俸六月，各具折请罪！”
二人赶紧唯唯而退，心中暗自庆幸没有因此而丢官。群臣也面面相觑，暗道天威难测。尤其是周延儒和温体仁，更是吓得满身冷汗。
可是后面朱由检说的话，就更让群臣惊讶：“既然李标提到燕凌辞官，朕也正好说说此事。过去皇城内宿卫由武骧、腾骧四卫负责，朕即位后，因阉党谋逆，情由特殊，改为皇城警卫团。现阉党已除，朕欲恢复旧制，重建四卫。另外，京师外城扩建，五城兵马司的职权范围也要改一改。”
众人这才明白，燕凌辞官和皇后并无关系，而是皇帝要重整京师卫戍格局了。而且朱由检早准备好了方案：
一、皇城警卫团一分为四，仍按旧制命名。但职责有所调整，武骧左卫负责皇城内、紫禁城外东半边防务，武骧右卫负责西半边。大小官员进皇城，一律从东安门进、西安门出，通行时要接受检查，不得携带任何武器。至于承天门和地安门，则由两卫共同把守，非重大典仪不开。
二、紫禁城内宿卫，南半边由腾骧左卫负责，包括午门、东华门、西华门及迁至宫中的六部衙门。而乾清门以北，包括召开朝会的乾清宫以及所有后宫及神武门，全由腾骧右卫负责。
三、这四卫定员各一千一百二十人，相当于一个标准的千户所。但长官不再是指挥使，而是降格为千户。但腾骧右卫不设千户，十名百户由皇帝直接统辖。还有一个重要的变化，那就是四卫所有兵员，不再像过去那样从小当到老，然后由子孙世袭，而是改为从全国所有边军、卫所军及“新军”中择优选拔，入选时年龄不能超过二十岁，最多服役两年，便会调出四卫。武骧二卫及腾骧左卫的千户，以及腾骧右卫的百户由皇帝直接任命，只服从于皇命，不听其他任何官员调遣，同样最多任职两年。
皇城之内即是皇帝家事，宿卫安排向由皇帝独断，群臣倒是没有插嘴的资格。当然也有脑筋转得快的大臣，对朱由检的安排不禁暗赞：此举既确保了宿卫军队完全掌握在皇帝一人手中，还提高了宿卫军的战斗力。更重要的是，两年一轮换制度，让宿卫军队来不及互相熟悉，“变生肘腋”这种事，就很难发生了！