朱载坖认为，还要对朱翊釴的讲官们进行调整，朱载坖认为，现在朱翊釴的讲官完全以翰林官们充任，对于朱翊釴来说并不合适，作为皇帝，朱翊釴日后是要治理国家的，仅仅依靠经义是显然不现实的，朱载坖要求充实朱翊釴的讲官队伍。
除了现有的讲官之外，内阁首辅高拱、次辅张居正还有阁臣陈以勤，吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀、礼部尚书赵贞吉都要抽出时间去给朱翊釴上课，尤其是霍冀和杨博，对于兵法、大明面临的威胁，北虏、东虏的情况，都要向朱翊釴作一介绍。
同时朱载坖还要求锦衣卫将搜集的大明境内土司、邻国，西夷、倭寇的相关情报整理成册，向朱翊釴进呈，帮助朱翊釴了解大明现在的所面临的情况，朱载坖当着阁臣们对朱翊釴说道：“太子，为君者，当心怀天下，包举宇内，眼光所至，不要仅仅是大明，对于四夷之情，也要做到心中有数，要早有准备。”
朱翊釴赶紧领旨，朱载坖对高拱说道：“要和海瑞说，尽快推进大计，尤其是对于地方州县和六部衙门，要严格大计，切实刷新吏治。”
随即朱载坖在海瑞的奏疏御批道：“卿所言甚是，下内阁详议！”同时朱载坖下令对詹翰官加以申斥，这下使得京师的官员们大为吃惊，没想到海瑞的圣眷之深，已经达到这种地步了，连詹翰官都要被申斥，他一个举人出身，上疏讨论皇太子的圣学问题，居然能够得以被采纳。
可见海瑞的圣眷，连詹翰官都要避其锋芒，那其他官员就更不用说了。这对于大计的推行，有极大的好处。在内阁和朱载坖的催促下，海瑞首先对京师部院衙门和直隶的州县官员加以大计。
对于直隶的州县官员，海瑞还是很了解的，毕竟海瑞担任过多年的顺天巡抚，河间知府等职务，在海瑞的审查之下，一批官员被大计弹劾，甚至因为贪墨被移送法司严惩的州县官员也有几个。
而赵贞吉也在对科道的大计中黜退了一批御史，因为他们在任上专恃欺隐，弹劾尽为不实之词，所以赵贞吉奏请朱载坖，对这批御史予以黜退，得旨，凡御史不能据实劾奏，为党乱政者，俱黜退！
对于这些放肆妄言的言官，朱载坖早就不满了，朱载坖给与言官这么大的权力，准许他们审查所监察部门的账目，就是为了为大明除去贪官污吏，但是言官们还是积习不改，风闻言事成了习惯，这次朱载坖可不惯着他们，对凡是一贯风闻言事，拿不出真凭实据的言官，朱载坖明旨要求海瑞、赵贞吉等人予以黜退，重新考选御史。
同时对于吏部、户部、兵部予以从严大计，因为朱载坖很清楚，这三个部门是猫腻最多的，吏部主官全国文官的考选升迁，尤其是吏部文选司和考功司，没有问题才是怪事，还有户部和兵部，都是有大量钱粮经手的衙门，出现贪官污吏，是一点也不稀奇。
所以朱载坖要求海瑞等人从严审核，对一时无法核实清楚的，将之交锦衣都司，由锦衣亲军负责查实。
而在大计的时候，左都御史葛守礼奏请朱载坖，请求由都察院在大计之后进行拾遗，这其实是之前京察和外察时的旧制，有不公者许令科道官指实劾奏，南京各衙门照例考察，有不公者令南京科道劾奏。拾遗对于科道来说是非常重要的权力。
按照葛守礼早奏疏中所称：“科道之设将以补阙拾遗、举正欺蔽，是以每当考察之后，例必纠正。”
而且之前科道拾遗的力度之非常之大的，葛守礼在奏疏中称：“旧制，京察之岁，大臣自陈。去留既定，而居官有遗行者，给事、 御史纠劾，谓之拾遗。拾遗所攻击，无获免者。凡部院所考属官有遗未处者及自陈未处之大臣，科道官皆可以拾遗纠劾之。”
凡是被科道拾遗弹劾的，几乎没有不被罢免的，可见科道拾遗的威力，而且科道拾遗之后，决定权在皇帝手上，科道官纠拾自陈大臣时，被纠劾者的处置亦由皇帝直接负责裁定。
葛守礼在奏疏中认为，由科道行使拾遗权，可以使司考察者畏清议而不敢不公，被考察者仗公论而不患不当，是保证大计公正的重要的手段。
而内阁的御批也是赞同科道行使拾遗的，朱载坖思考了一阵之后，认为科道的拾遗也确实是重要的监察手段，不是每一次的大计都有海瑞这样的人，一旦所托非人，那科道拾遗的威力就可以发挥出来了，由科道拾遗的威慑在，使得主持大计的重臣不敢包庇同党。
朱载坖随即同意了葛守礼的意见，准允吏科和都察院在大计之后行使拾遗的权力，但是不准风闻言事，必须要确有证据才行，同时监察御史和给事中在大计完成之后可以查阅审核大计的各种材料，发现有问题的，可以直接向朱载坖陈奏。
而对于被大计黜退的官员，依照京察和外察的旧例，永不叙用，同时朱载坖命令吏部尚书杨博，对空缺的职务立即选拔官员补缺，不拘出身，不管是进士举人这样的科举正途出身，还是吏员考选而来的，只要符合条件，都可以选任。
而正在朱载坖与内阁推动大计，准备刷新吏治的时候，从陕西三边和蓟镇发来的塘报使得朱载坖不得不重视起来了，提督陕西三边军务、丰州伯马芳向朱载坖上奏，称套虏最近蠢蠢欲动，眼下陕西三边军储已足，请求朱载坖准允马芳先发制人，打击套虏。
而汪道昆和戚继光也联名向朱载坖陈奏，土蛮部和朵颜三卫再次袭扰蓟辽，请求朱载坖准允蓟辽两镇反击。
事关军国大事，朱载坖立即召集阁臣和兵部、户部堂官商量此事。